一是运输发票必须合法。《增值税问题解答（之一）》（国税函发[1995]228号文）规定：增值税一般纳税人外购货物和销售货物（固定资产除外）所支付的运输运费，准予抵扣的运费结算单据（普通发票）是指国营铁路、民用航空、公路和水上运输单位开具的货票，以及从事货物运输的非国有运输单位开具的套印全国统一发票监制章的货票。准予计算进项税额抵扣货运发票种类，不包括增值税一般纳税人取得的货运定额发票。
二是运输发票上注明的扣除必须符合规定。《增值税问题解答（之一）》规定：""准予抵扣的货物运费金额，是指在运输单位开具的货票上注明的运费、建设基金，不包括随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费，如京九费、快件费等等。""但是国税发[2000]14号文又再次明确，准予抵扣的范围限于铁路运输部门开具的货票上注明的以下项目：运输建设基金；临管铁路运费及新线运费（包括：大秦煤运费、京九分流加价、太古岚加价、京九运费、大沙运费、侯月运费、南昆运费、宣杭运费、伊敏运费、通霍运费、塔韩运费、北仑运费）。
三是货运发票内容填写必须齐全且与购货发票内容相符。准予计算扣除进项税额的货运发票，其发货人、收货人、起运地、到达地、运输方式、货物种类、货物数量、运输单位、运输金额等项目填写必须齐全，与购货发票上所列的有关项目必须相符，否则不予抵知。
四是运输费用价格要合理。《关于加强增值税征收管理若干问题的通知》（国税发[1995]192号文）规定：纳税人购进、销售货物所支付的运输费用明显偏高，经过审查不合理的，不予抵扣运输费用。
五是准予抵扣运费进项税额时间必须符合规定。《关于加强增值税征收管理工作的通知》（国税发[1995]015号文）第二条第1款、第2款规定：工业生产企业购进货物（包括外购货物所支付的运输费用），必须在购进的货物已经验收入库后。才能申报抵扣进项税额。商业企业购进货物（包括外购货物所支付的运输费用），必须在购进的货物付款后才能申报抵扣进项税额，否则不予抵知。
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