一、坏账准备的管理办法不同
会计和税收实务中均可采用计提坏账准备的方法预计坏账损失，但双方在管理办法上存在较大差异。《企业会计制度——会计科目和会计报表》中明确指出：企业只能采用备抵法核算坏账损失，否定了坏账核算的直接转销法，在管理方式上也充分尊重企业会计主体自身的管理权限，由企业自主确定计提坏账准备的方法，要求企业应当制定计提坏账准备的政策，列出目录，具体注明计提坏账准备的范围、提取方法、账龄的划分和提取比例，按照管理权限，经股东大会或董事会，或经理（厂长）会议或类似机构批准，并且按照法律、行政法规的规定报有关各方备案，并备置于公司所在地。计提方法一经确定，不得随意变更，如确需变更，仍然应按上述程序，经批准后报送有关各方备案，并在会计报表附注中予以说明。由此可以看出，会计上计提坏账准备纯属企业会计政策的采用问题，属于企业内部管理事宜，只需由企业自行决定。与会计制度规定不同，在税收管理上对纳税人发生的坏账损失，原则上应按实际发生额据实扣除，即采用直接转销法，企业如果希望采用计提坏账准备金的备抵法，必须报经税务机关批准。
二、坏账准备的计提方法不同
会计与税收处理上都允许计提坏账准备，但双方计提坏账准备的方法不尽相同。《企业会计制度》第53条规定：企业计提坏账准备的方法由企业自行确定，坏账准备计提方法一经确定，不得随意变更。这里的规定超越了过去单一的应收账款余额百分比法，给企业财会人员留下了职业判断的余地，更便于企业对应收款项的管理。企业可以选择的方法除了应收账款余额百分比法之外，还有账龄分析法和销货百分比法等，表明会计上计提坏账准备的方法不是唯一的，这与税法规定不同。税法尽管没有直接规定坏账准备的计提方法，但《企业所得税税前扣除办法》强调坏账准备金的提取比例一律不得超过年末应收账款余额的0.5％，说明税收处理上仍沿袭过去的方法，即只采用应收账款余额百分比法。
三、坏账准备的计提比例不同
与以往行业财务制度规定一个计提坏账准备的幅度不同，《企业会计制度》因为在方法上不再局限于应收账款余额百分比法，所以也无法规定计提坏账准备的比例，在确定坏账准备的计提比例时，企业应当根据以往的经验、债务单位的实际情况和现金流量等相关信息予以合理估计确定。但为了防范企业滥用会计政策，也限定了企业不能全额计提坏账准备的4种情形：①当年发生的应收款项；②计划对应收款项进行重组；③与关联方发生的应收款项；④其他已逾期但无确凿证据证明不能收回的应收款项。与会计规定相比，税法显得十分严格，规定坏账准备金提取比例一律不得超过年末应收账款余额的0.5％。通过上述比较可以看出，尽管双方都可以按一定比例计提坏账准备，但在具体实施上却存在差异，税收处理上是在纳税年度终了，按应收账款年末余额以不超过0.5％的比例一次计算出坏账准备的总额，而会计处理上不一定是依同一比例进行总额计提，往往要区分不同应收款项分笔计提，即坏账准备和累计折旧一样，尽管只进行总分类核算，但实际上是针对不同应收款项单项计提的，这可以从债务重组时需冲减重组债权计提的相应坏账准备得到佐证。
四、坏账准备的计提口径不同
在2000年以前，坏账准备的税收处理比照行业财务制度规定执行，双方计提口径不存在差异。但《企业所得税税前扣除办法》出台后，双方计提坏账准备的口径发生了变化。《企业会计制度》第18条规定：“企业应于期末时对应收款项（不包括应收票据）计提坏账准备”，此处的应收款项明确指出不包括应收票据，从该制度“会计科目和会计报表” 规范中可以进一步看到，“应收款项”只指“应收账款”和“其他应收款”科目反映和核算的内容。对于企业持有未到期的应收票据，如有确凿证据证明不能够收回或收回的可能性不大时，应将其账面余额转入应收账款，再计提相应的坏账准备；对于企业的预付账款，如有确凿证据表明其不符合预付账款性质，或者因供货单位破产、撤销等原因已无望再收到所购货物的，应将其账面余额转入其他应收款，再计提相应的坏账准备。而《企业所得税税前扣除办法》规定计提坏账准备的年末应收账款是纳税人因销售商品、产品或提供劳务等原因，应向购货客户或接受劳务的客户收取的款项（含代垫的运杂费），此处的年末应收账款包括应收票据的金额，并且特别强调纳税人发生的非购销活动的应收债权以及关联方之间的任何往来账款，不得提取坏账准备金，从而否定了其他应收款可以计提坏账准备。双方都对应收账款计提坏账准备，但口径不一致，税收上是剔除了关联方之间往来账款后的余额；双方都对应收票据计提坏账准备，但时间上不一样，税收上是直接计提，而会计上要待转入应收账款后再计提。
五、对关联交易坏账准备的处理不同
《企业会计制度》第12章对关联方之间的交易作了具体规范，因而并未在坏账准备计提上明确区分关联方之间往来款项与非关联方之间往来款项的会计政策，但是为了防范企业滥用会计政策，转移利润，对关联方之间的应收款项规定不得全额计提坏账准备，表明会计处理上允许计提坏账准备，但计提比例不能是100％。税收处理上对关联方交易形成的坏账规定比较严格，规定关联方之间的任何往来坏账款，不管是否购销活动，均不得提取坏账准备金，而且对关联方之间的往来账款一般也不得确认为坏账，除非是经法院判决负债方破产，破产企业的财产不足以清偿的负债部分，经税务机关审核后方允许债权方企业作为坏账损失扣除。
六、坏账准备的核销程序不同
会计处理上要求企业对于不能收回的应收款项应当查明原因，追究责任，根据企业管理权限，经股东大会或董事会，或经理（厂长）办公会议或类似机构批准后作为坏账损失，冲销提取的坏账准备，在管理上只要由内部权力机构批准即可；对坏账损失的确认，会计处理上并无明确的规定，只是列举了诸如债务单位撤销、破产、资不抵债、现金流量不足等情形。税收处理上要求对企业实际发生的坏账损失，应冲减坏账准备金余额，超过已提取的坏账准备的部分，在发生当期直接扣除，这里其实包含了备抵法和直接转销法两种坏账核算方式，但无论是冲减坏账准备还是直接扣除，在税务管理上都要作为财产损失履行相应的报批手续，经税务机关审核批准后方可在税前扣除。这是为了防范侵蚀税基、维护国家权益的必经程序，对税务机关来说，企业权力机构审批的会计处理方案只能作为参考依据，因为税收上认定应收账款成为坏账有明确的标准：①债务人依法被宣告破产、撤销，其剩余财产确实不足清偿；②债务人死亡或依法被宣告死亡、失踪，其财产或遗产确实不足清偿；③债务人遭受重大自然灾害或意外事故，损失巨大，以其财产确实无法清偿；④债务人逾期未履行偿债义务，经法院裁决确实无法清偿；⑤逾期3年以上仍未收回；⑥经国家税务总局批准核销。不符合上述条件的，坏账损失税前不得扣除。
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