是事业单位发生划转撤并时，对一定时点上的事业单位的财产、债权和债务进行清理和核算，为财务管理体制和行政隶属关系的变化奠定财务基础。
分类 事业单位经国家有关部门批准，行政隶属关系或财务管理体制发生变化时，应进行财务清算。具体的变化形式有：（1）划转。即事业单位因隶属关系改变，成建制地在部门之间、上下级之间划转，它属于事业单位行政隶属关系的改变。（2）转制。指事业单位转为企业或事业单位在财务管理上由事业单位财务管理转为企业财务管理。（3）撤销。指事业单位终止运营。（4）合并。指两个或两个以上的事业单位进行合并。具体形式分为创立合并和吸收合并两种。创立合并指合并后原有事业单位不复存在，形成一个新的事业单位；吸收合并指事业单位合并后，吸收方事业单位继续存在，而被吸收方事业单位解散。
步骤 事业单位进行财务清算时，应当在主管部门和财政部门、国有资产管理部门的监督指导下，成立清算组。清算组一般由划转撤并的事业单位负责人和财务、审计、监察、物资、后勤、人事、工会等部门的人员组成，并需报经有关部门批准，在主管部门、财政部门和国家资产管理部门的监督指导下开展工作。清算组对清算期间的事业单位财务运行状况负责。清算组应首先制定清算方案；然后对单位的财产、债权、债务等进行全面清理，编制财产目录和债权、债务清单；提出财产作价依据和债权、债务处理办法，作好国有资产的移交、接受、划转和管理工作，并妥善处理各项遗留问题。
清算结果的处理 划转撤并的事业单位清算结束后，经主管部门审核并报国有资产管理部门和财政部门批准，其资产分别按照下列办法处理。
（1）因隶属关系改变，成建制划转的事业单位，全部资产无偿移交，并相应划转事业经费指标。
（2）转为企业管理的事业单位，全部资产扣除负债后，转作国家资本金。
（3）撤销的事业单位，全部资产由主管部门和财政部门核准处理。
（4）合并的事业单位，全部资产移交接受单位或新建单位，合并后多余的国有资产由主管部门和财政部门核准处理。
