规范科学事业单位会计核算和会计报表实务的具体行政法规。现行《科学事业单位会计制度》由财政部、国家科委于1997年12月16日颁布，自行1998年1月1日起执行，共他七章31条。
第一章总则，明确本制度适用于境内国有科学事业单位，包括主管会计单位、上级会计单位和基层会计单位；会计核算应满足国家预算管理、单位内部管理及有关方面了解单位财务状况的需要；会计核算应当以单位各项业务活动及其他活动持续正常地进行为前提；会计记账方法采用借贷记账法。
第二章资产计价的一般原则，明确应收及预付款项按实际业务发生时的价格或金额计价；存货按获取时的实际成本、账面价值、同类存货的市场价或评估价计价；购入固定资产，按实际支付的总价款计价；自行建造固定资产按建造中的实际支出计价；无形资产按实际支付的价款、市场价或评估价计价；对外投资按实际支付金额或评估计价。
第三章收入确认原则，明确财政补助收入、上级补助收入、附属单位上缴收入和其他收入，在实际收到款项时确认为收入；科研收入、技术收入、试制产品收入、不术活动收入、科普活动收入和经营收入，在提供科研成果、技术服务、发出产品等，同时收讫价款或取得索取价款的凭据时，确认为收入；对于长期项目的收入，须根据年度完成进度，合理确认为收入；经财政部门核准不上缴财政专户管理的预算外资金，在实际收到款项时确认为收入；财政专户核拨的预算外资金，在收到资金后，确认为收入。
第四章支出及内部成本费用核算原则，明确单位发生的事业支出、经营支出、结转自筹基建、对附属单位补助和上缴上级支出，应正确予以归集；对从事各项业务活动发生的支出，凡无法直接归集的应按规定的比例和标准在事业支出和经营支出中进行合理分摊；单位对发生的事业支出、经营支出，应分别归集到基本工资、补助工资、其他工资、职工福利费、社会保障费、助学金、公务费、设备购置费、修缮费、业务费和其他费用、间接费用、期间费用分别归集，期末按规定将各项成本费用分别归集到事业支出和经营支出的相应科目中；成本核算采用制造成本法，对于各项直接费用直接计入各成本核算对象的成本中，对于各项间接费用定期按一定标准分配计入成本核算对象的成本中，对于期间费用定期按规定的比例和标准分配计入事业支出和经营支出相应的科目中。
第五章会计科目及使用说明，列示了资产类、负债类、净资产类、收入类、支出类及成本费用类五类会计科目及其使用说明，并对单位根据实际情况自行增加、减少或合并的会计科目进行了补充说明。
第六章会计报表，规定会计报表的组成：资产负债表、收入支出表、支出明细表、结余分配表、净资产变动情况表；规定单位应按期向有关部门报送会计报表；规定科学事业单位的主管部门或单位，应在认真审核所属单位会计报表基础上，编制汇总会计报表。
第七章附则，说明经有关部门批准，办理完各项划转手续，已进入企业（企业集团）、纳入财务管理体系的单位，应执行同行业或接近行业会计制度。
