规范科学事业单位的财务行为，加强财务管理、提高资金使用效益的具体行政法规。现行《科学事业单位财务制度》由财政部、国家科委于1997年3月25日颁布，自1997年1月1日起执行，共分十章五十三条。
第一章总则，明确本制度适用于纳入事业单位财务管理体系的国有科学事业单位；明确单位财务管理的基本原则和主要任务。
第二章单位预算管理，明确单位预算是单位根据事业发展计划和任务编制的年度财务收支计划，国家对科学事业单位实行核定收支、定额或者定项补助、超支不补、结余留用的预算管理办法：对主要从事理论研究、基础研究和社会公益研究的单位，以及国家赋予专业服务和管理职能的单位，实行定额或者定项补助；对主要从事技术开发研究和科技服务的单位，实行定项补助，定项补助可以为零；少数非财政收入大于支出较多的单位，可以实行收入上缴办法。明确单位预算由收入预算和支出预算组成；编制预算必须坚持以坚定支、收支平衡、统筹兼顾、保证重点的原则，不得编制赤字预算；明确预算编制和审批程序、预算调整。
第三章收入管理，明确收入的性质、构成及其体内容；明确单位收入管理必须遵循的要求。
第四章支出及成本费用管理，明确支出的性质、构成及其具体内容；明确主要从事应用开发研究和科技服务的单位，以及其他有条件的单位，可根据专业业务及其辅助活动、生产经营活动以及经济管理的实际需要，实行内部成本费用管理办法；明确实行内部成本费用管理办法的科学事业单位，应以研究室、业务部、课题组等为核算单位，以科研课题、项目、产品等为基本核算对象，进行多层次的成本费用核算。
第五章结余及其分配，明确结余的性质、构成及其用途；明确经营结余应当单独反映；明确结余的分配程序。
第六章专用基金管理，明确专用基金的性质、构成及形成来源；明确专用基金的提取比例及管理办法。
第七章资产管理，明确资产的性质、构成及其具体内容；明确各类资产管理的具体要求。
第八章负债管理，明确负债的性质、构成及其具体内容；明确对不同性质和不同期限的负债应进行分类管理；对借入款项应当按时清偿；对合同预收款项在合同完成或者阶段性完成后及时结转为收入；对应付款项，要按时清付；对各项应缴税费，应当依据国家法律法规计缴。
第九章财务清算，明确单位按规定划转撤并时，应当对单位的财产、债权和债务进行清算；明确财务清算机构的职责；明确清理单位资产的处理办法。
第十章财务报告和财务分析，明确财务报告的性质及使用；明确财务报告的构成；明确财务分析的内容及财务分析指标。
第十一章附则，明确单位基本建设投资的财务管理，按照国家有关规定办理；明确中国科协和地方科协所属事业单位执行本制度；明确经财务主管部门和财政部门批准的具备条件的单位及其附属独立核算的生产经营单位执行《企业财务通则》和同行业或者相近待业企业财务制度，不执行本制度。
