关税会计科目的设置
为了全面反映企业关税的缴纳、结余情况及进出口关税的计算，应在“应交税金”科目下分别设置“应交进口关税”、“应交出口关税”明细科目。
“应交税金一应交进口关税”的贷方发生额反映计算出应缴的进口关税，借方发生额反映实际上缴的进口关税，贷方余额表示欠缴的进口关税，借方余额表示多缴的进口关税；
“应交税金一应交出口关税”的贷方发生额反映出应缴的出口关税，借方发生额反映实际上缴的出口关税，贷方余额表示欠缴的出口关税，借方余额表示多缴的出口关税。
当企业计算出应缴的进口关税时，借记有关科目，贷记“应交税金一应交进出口关税”，实际缴纳时，借记“应交税金一应交进口关税”，贷记“银行存款”等科目。当企业计算出应缴的出口关税时，借记有关科目，贷记“应交税金一应交出口关税”，实际缴纳时，借记“应交税金一应交出口关税”科目，贷记“银行存款”等。
关税的会计核算
下面分别就工业企业和外贸企业的关税会计核算进行说明：
工业企业关税的会计核算 工业企业通过外贸企业代理或直接从国外进口原材料或其他产品，按规定计算的应缴关税，不通过“应交税金一应交进口关税”科目核算，应与进口原材料等的价款及其他费用一并计入进口原材料的采购成本，在会计核算上，借记“材料采购”或“原材料”，贷记“银行存款”等。对于企业根据与外商签订的加工装配和中小型补偿贸易合同而引进的国外设备，其应支付的进口关税在支付时，借记“在建工程一引进设备工程”，贷记“长期应付款一补偿贸易引进设备应付款”、“银行存款”等。企业在出口时，国家为了鼓励出口，扩大对外贸易，除国家限制的出口商品外，一律免征出口关税，不涉及到出口关税的会计核算。企业出口产品如果需要缴纳关税，支付时可直接计入销售税金，借记“产品销售税金及附加”科目，贷记“银行存款”科目。
出口关税的会计核算
目前，外贸企业交纳出口关税的业务主要有自营出口，代理出口和易货贸易出口等。
（1）自营出口是外贸企业的主要出口业务。当企业计算出按规定应缴纳的自营出口关税时，借记“商品销售税金及附加”科目，贷记“应交税金一应交出口关税”科目。 当实际缴纳出口关税时， 借：应交税金一应交出口关税 贷：银行存款
（2）代理出口业务 代理出口是由委托单位负担出口盈亏。当计算出代缴的关税时，借记“代理出口销售成本”，贷记“应交税金一应交出口关税”科目，实际上缴时，借记“应交税金一应交出口关税”科目，贷记“银行存款”科目。
（3）易货贸易出口业务 外贸企业对易货贸易出口计算出的应缴出口关税时，借记“商品销售税金及附加”科目，贷记“应交税金一应交出口关税”科目。企业实际缴纳出口关税时，借记“应交税金一应交出口关税”科目，贷记“银行存款”科目。
外贸企业关税的会计核算
外贸企业进口的商品应纳的关税通过“应交税金一应交进口关税”科目核算。下面分别进出口关税的情形说明其会计核算。
进口关税的会计核算 外贸企业目前交纳进口关税的进口业务有自营进口、代理进口、国家调拨进口、易货贸易进口和专项外汇进口等。
（1）自营进口
外贸企业计算出自营进口业务应缴纳的关税时
借：商品采购一进口商品采购一自营进口
贷：应交税金一应交进口关税 企业实际缴纳进口关税时
借：应交税金一应交进口关税
贷：银行存款
（2）代理进口 代理进口是指外贸企业代委托单位进口的业务，由委托单位承担进口盈亏，外贸企业只按规定收取手续费，并代征代缴进口关税，最后原数向委托单位收取进口关税。外贸企业代付进口关税时，借记“应交税金一应交进口关税”，贷记“银行存款”科目；向委托单位托收时，借记“应收账款”，贷记“应交税金一应交进口关税”科目。
（3）易货贸易进口
外贸企业易货贸易进口，进口关税直接在“商品采购”科目核算，借记“商品采购一易货进口采购”，贷记“应交税金一应交进口关税”。
实际缴纳进口关税时，
借：应交税金一应交进口关税
贷：银行存款
（4）国家调拨进口业务 对国家调拨进口业务应缴纳的关税，借记“商品采购一进口商品采购一国家调拨进口”，贷记“应交税金一应交进口关税”。 当企业实际缴纳进口关税时，
借：应交税金一应交进口关税
贷：银行存款
（5）专项进口业务 专项进口业务是国家专项安排外贸企业进口的业务，其盈亏由企业与国家单独清算。当计算出应缴纳的专项进口关税时，借记“其他销售成本一专项销售成本”，贷记“应交税金一应交进口关税”科目。
企业实际缴纳上述进口关税时
借：应交税金一应交进口关税
贷：银行存款
企业关税收取的滞纳金或罚款的会计核算
对于企业迟缴关税加收的滞纳金和违反税法被处以罚款的支出，不通过“应交税金一应交进口关税”或“应交税金一应交出口关税”等科目核算，应在税后利润中列支。具体会计分录为：借记“利润分配一未分配利润”，贷记“银行存款”。企业这笔滞纳金或罚款如果发生在会计年度终了，也可以通过调整“以前年度损益调整”科目核算，借记“以前年度损益调整”，贷记“银行存款”。
出口业务关税的会计处理
1、自营出口业务关税的会计处理 商品流通企业自营出口业务，按规定计算出应交纳的关税，借记“商品销售税金及附加”科目，贷记“应交税金一应交出口关税”科目。实际交纳时，借记“应交税金一应交出口关税”科目，贷记“银行存款”科目。
2、代理出口业务关税的会计处理 商品流通企业代理出口业务，因出口而交纳的关税仍由委托方负担。商品流通企业按规定计算出代交的关税时，借记“应收账款”科目，贷记“应交税金一应交出口关税”科目。实际交纳时，借记“应交税金一应交出口关税”科目，贷记“银行存款”科目。
工业企业关税的会计处理
工业企业通过外贸企业代理或直接从国外进口原材料或其他产品，按规定计算应交纳的进口关税，不通过“应交税金一应交进口关税”科目核算，而是与进口原材料等的价款及其他费用一并计入进口原材料的采购成本，借记“材料采购”或“原材料”科目，贷记“银行存款”等科目。对于企业根据与外商签订的加工装配和中小型补偿贸易合同而引进的国外设备，其应支付的进口关税在支付时，借记“在建工程一引进设备工程”科目，贷记“长期应付款-补偿贸易引进设备应付款”、“银行存款”等科目。企业出口产品如果需要交纳出口关税，支付时可直接计入销售税金，借记“产品销售税金及附加”科目，贷记“银行存款”科目
商品流通企业关税的会计处理
有进出口经营权的商品流通企业（包括商业、粮食、外贸、物资供销、医药商业、供销合作社等），按其经营方式的不同，其进出口业务可以分为自营和代理两大类。不同经营方式下的进出口业务，有关关税会计处理的方法和内容也不相同。
进口业务关税的会计处理
1、自营进口业务关税的会计处理 商品流通企业自营进口业务，按规定计算应交纳的进口关税，借记“商品采购”科目，贷记“应交税金一应交进口关税”科目。实际交纳时，借记“应交税金一应交进口关税”科目，贷记“银行存款”科目。
2、代理进口业务关税的会计处理
代理进口业务，对商品流通企业来说，一般不垫付货款，多以收取手续费形式为委托方提供代理服务。因此，由于进口业务而应交纳的关税均由委托方负担，商品流通企业即使向海关交纳了关税，也只是代垫或代付，日后仍要向委托方收回。
商品流通企业代付进口关税时，借记“应交税金一应交进口关税”科目，贷记“银行存款”科目。向委托方托收时，借记“应收账款”科目，贷记“应交税金一应交进口关税”科目。