近年来，该局针对职能增加机构增设较快，下属单位财务核算水平参差不齐，财务基础工作和财务管理方面存在薄弱环节的实际情况，积极采纳审计部门提出的加强内控制度建设、加强财务核算管理、加大下属单位财务监管力度的建议，狠抓内部管理，为保障机关依法行政、廉洁从政、高效施政发挥了较好的作用。一是狠抓制度建设，注重建立健全长效内控管理机制，出台了多项财务管理制度，有效地克服了在日常经费收支中存在的财务管理分散、部门多头开支、整体不易控制的现象；二是狠抓阳光操作，实施财务透明管理。规定一万元以上的采购报市政府采购办公室招标购买，一万元以下的采购，由局采购小组在广泛询价的基础上讨论决定， 5000元以上的采购，报请局党组通过后再进行购买；三是狠抓绩效管理，注重发挥资金的最大使用效能。着力在“两个确保、两个压缩”上下功夫，即确保全局日常支出，尽量压缩和降低行政办公成本；确保药品市场监管工作所需经费，压缩非执法急需费用。