1994年，我国在财政、金融投资等领域进行了多项重大改革，财政政策在国民经济宏观调控中的作用得到加强，专业银行逐步向独立的商业银行转变。随着这一新的形势变化，财政部根据国务院批准的“三定”方案中的职责范围，决定从1994年9月1日起，收回原委托中国人民建设银行代行的某些财政职能。收回这一职能后，财政部门如何加强对基建投资的管理，成了急需解决的问题。

　　厦门市自成为经济特区之后，基建规模不断扩大，尤其是从1993年开始连续几年推出多项为民办实事项目，政府在开发新城区以及完善基础设施和社会公益事业等建设中，投入了大量资金，急需强化财政对于基本建设支出的预算管理职能。

　　1994年6月，厦门市率先成立了工程预决算审核所（即厦门市财政审核中心前身）。

　　据厦门市非税收入管理中心主任、当时负责组建审核所的林少煌介绍，审核所成立之初，面临着重重困难。首先是职能定位。当时建委、计委以及审计等相关部门，都有相应的核算部门，比如建委有负责立项审核的总工办，审计局也有专门的部门对竣工验收完项目进行审计。所以在审核所成立之初，有些部门就认为没有必要再专门成立一个机构，只需在项目需要检查时抽调相关人员就行。也有人认为，如果要成立审核所，干脆把其他部门的相关审核职能都交给审核所，责任也由审核所承担。为此，厦门市政府专门召集相关部门协商，明确审核所只是审财政花的钱，针对的是公益性项目，也就是政府投融资项目，其目的是减少投资浪费，少花钱、多办事、办好事，其他相关部门的职能并不发生任何变化。其次是人员安排。审核结果要让项目单位心服口服，必须要有专业人才和专业水平。为此，除了从计委、建委、银行等相关单位调配人员，审核所还聘请各领域专家作为“智囊团”。当时审核所编制仅有10个，但聘请的专家就达30多个，后来慢慢发展到60多个。

　　林少煌说，审核所开展工作之初，不但有的同级部门不理解，被审核的项目单位也不认同。有一次，审核所聘请的一位老专家到项目单位去检查工作，发现该单位违规操作，于是自报家门并要求其整改，没想到却被施工单位人员大骂一通。说起专家的此次遭遇，林少煌至今仍感到内疚。

　　审核所试运行一年后，于1995年6月28日正式授牌，财政部经建司领导、厦门市市长及常务副市长等都到场参加授牌仪式。“当时真没想到会有那么多领导参加，事先也没通知，记者却来了很多。也正是领导的重视和关心，有效推动了审核所工作的顺利开展。”林少煌说。

　　1995年，厦门市出台项目招投标相关规定，要求所有招投标标底必须由审核所审定才有效。此后又先后下发了《厦门市市级财政投资基本建设项目资金管理暂行办法》和《厦门市财政性投融资建设项目工程预决算审核管理暂行办法》，明确了工程预决算审核范围和管理方式，并将审核所的职能定位为“财政职能的延伸”，以资金的使用效果来监督政府投融资。定位明晰后，审核所的工作开展渐渐顺利起来。

　　作为全国首家成立的财政投资评审机构，厦门市财政审核中心不断开拓创新，提出并推行了一系列强化投资管理、节省造价的新思路和新做法。如在国内率先废除工程投标标底，改为投标预算控制价，从而增加了招投标的透明度；率先实行市场定价，打破定额本本，有效降低了工程造价；率先提出实行设计、监理招投标，有力促进了建设市场的规范和良性发展等等。目前，中心已建立了一套完善的审核复核操作规程和内部管理制度，职能也由成立之初的单纯工程预决算审核，扩展到涵盖工程预决算、征地拆迁、财务决算、绩效预算的评审。