“十一五”期间，特别是在全国及全区科技大会召开之后，自治区党委、政府做出了建设创新型内蒙古，加大科技投入的决定，自治区本级财政大幅度加大了对科技投入的力度，应用技术研究与开发资金在稳步增长基础上，2007年新设立自治区科技创新引导奖励资金，采取无偿补助和有偿支持相结合的支持方式对高新技术产业化项目给予支持，使自治区本级科技专项资金从2006年的8937万元增加到2009年的38861万元，增幅达到335%。

　　其中：应用技术研究与开发资金（科技三项费）从2006年的8937增加到2009年的18561万元，增幅108%；

　　科技创新引导奖励资金从2007年新设立投入的11063万元，增加到2008年的16243万元和2009年的18000万元，其中三年用于无偿补助资金25306万元，有偿支持资金20000万元；

　　另外，自治区财政改变了以往自然科学基金和知识产权专项资金裹在应用技术研究与开发资金的管理模式，从2008年开始将自然科学基金和知识产权专项资金单独列为预算，每年分别投入1000万元和500万元。