一是实行主管部门负责制。主管部门对专项资金的管理使用负主要责任，本着“实用、节约”的原则进行项目设计，既要具备前瞻性、实用性，又要符合经济社会发展实际，坚决杜绝重复建设和超标准建设现象。

　　二是规范资金拨款程序。项目实施中，由主管部门向财政部门提出用款计划和申请，经审核后，再根据项目实施进度下达用款计划，并实行直接支付。其中，属基本建设类的，先期拨付20%作为启动资金，项目结算前最高拨付额不得超过项目预算的80%；属部门专项工作类的，先期拨付30%作为启动资金，专项工作完成后再审核拨付剩余资金，超支部分由单位自行解决。

　　三是严格资金核算管理。专项资金实行专帐专项核算，不得与单位人员经费、公用经费等基本支出混淆。实行专项核算的，专门设置明细科目，完整真实地反映项目支出情况。项目决算后，专项资金仍有结余的，全额上缴财政。

　　四是明确项目调整程序。项目实施中，确属需要对设计和施工进行变更的，必须由设计部门出具设计变更说明，建设单位制定调整方案，报财政部门审核。对不需要增加投资的，由财政部门认定；对需要增加投资的，报市政府审批。未经批准，任何部门、单位和个人不得擅自改变建设内容，提高建设标准。对违反审批权限，擅自变更造成投资增加的，造价增加部分将不予拨付资金。

　　五是加强资金监督检查。由财政、审计、监察和主管部门联合对专项资金实施监督检查，督促项目单位加强管理，项目结算后，形成检查结论并存档。对违反规定的，严格按照有关法规处理，构成犯罪的，移交司法机关处理。