棚户区改造占据了佳木斯拆迁工作的主体。全市的棚户区改造始于2004年，当时测算，市区共有危房棚户区占地面积904万平方米。经过近几年的不懈努力，到2008年末，已改造棚户区占地面积404万平方米，累计投资40亿元，3.34万户家庭、9.5万名棚户区群众告别棚户区，住进了比较舒适的楼房。2008年，全省提出利用5年时间完成棚户区改造。佳木斯自加压力，决定用3年时间完成棚户区改造工作。当年全市完成了102万平方米的改造任务，2009年完成了120万平方米的改造任务，2010年计划完成156万平方米的改造任务。

　　佳木斯财力紧张，属于吃饭财政，完成这么大量的棚户区改造工程实属不易。政府部门创新工作思路，积极开展“对外引资、对内挖潜”的市场化运作。将棚户区相关资料印制成册向全国广泛招商引资，同时积极动员、号召本地有实力的开发企业承担社会责任，主动参与棚户区改造。北京中天宏瑞公司开发建设的金地家园项目工程占地12万平方米，已经交付使用；由本市吉星房地产公司改造的红旗路长安桥东西两侧棚户区项目，预计年底全部竣工。通过采取以外地投资商为承建主体、本地企业量体裁衣、政府提供政策扶持服务的举措，有力地推动了全市棚户区改造工程的推进。

　　随着棚户区改造向纵深推进，所剩地块大部分地处城郊区域，缺乏商业价值，改造难度越来越大。2009年，佳木斯市采取了政府投资和市场化运作两种模式实施棚改。对于缺乏商业价值的地块和重点建设地块由政府直接投资改造建设，对于商业价值较高的地块通过市场化运作模式实施改造。