税前扣除范围和标准
1.税前扣除范围。各方面的意见认为，税前扣除应当适应现代企业制度和技术创新的要求，充分体现对纳税人的劳动补偿、资本补偿、技术补偿和风险补偿，明确纳税人每一纳税年度发生的与取得应纳税收入有关的所有必要和正常的成本、费用、税金、损失，都可以在税前扣除。
2.税前扣除标准。现行“两法”对内外资企业的税前扣除标准规定不一致，内资企业严于外资企业。统一的企业所得税法应统一内外资企业税前扣除标准。总的原则应当是允许所有必要、正常的成本、费用、税金、损失都可以在税前据实扣除。同时为避免不合理地侵蚀税基，税法还应列明限额扣除项目和不准列支项目。对于一些需要调整修改的具体项目扣除标准，具体意见如下：
一是取消对工资、福利性支出的税前扣除限制。现行内资企业所得税实行计税工资，只允许企业职工工资在限额内税前扣除，另外对职工工会经费、福利费和教育经费按工资比例列支。各方面一致认为，这种对企业发放给职工的超过计税工资标准的部分工资、福利性支出，也作为应纳税所得额征收企业所得税的做法，违背了企业所得税是纯收益性课税的原则。同时，由于外资企业没有计税工资的限制，事实上加重了内资企业的税收负担。随着市场经济的发展、企业所有制形式的多样化、经营管理的现代化以及个人所得税法的不断完善，这种防范国有企业滥发工资的限制已经没有存在的必要。所以，统一的企业所得税法应取消计税工资的做法，对企业发放给职工的工资和福利性支出应当在税前据实扣除。同时，取消计税工资，还有利于规范工资发放渠道，使各种隐性工资所得公开化。而且，通过纳税人报送工资的凭据，有助于对个人所得税中工资薪金所得的源泉控制，促进个人所得税的征管。
二是规范广告费的列支。现行内资企业广告费扣除标准为纳税人每一纳税年度发生的广告费支出不得超过销售（营业）收入的2%；食品（包括保健品、饮料）、日化、家电、通信、软件开发、集成电路、房地产开发、体育文体和家具建材商城等行业的企业广告费扣除比例为8%，制药行业的扣除比例为25%.超过上述比例部分的广告支出可无限期向以后纳税年度结转扣除。外资企业则基本上可以据实扣除。一般而言，广告费用是企业正常生产经营过程中的必要支出，统一的企业所得税法的总原则应当是可以据实扣除，但是基于国家政策导向和行业的特点，对于部分行业的广告费用支出在税前扣除方面进行一定规模和比例的限制也是必要的，如对白酒、香烟等不利于人民身体健康的产品广告支出设定比例限制，适当降低制药行业的列支比例等。
三是规范提取坏账准备金的扣除。根据现行税法规定，内外资企业都可提取坏账准备，但提取坏账准备金的范围和计提比例又不同。一种意见认为，统一后的税法应统一内外资企业坏账准备扣除标准，并区分坏账准备金和呆账准备金。考虑到金融保险企业风险较大的行业特征，在法律中明确规定这类企业可将呆账准备金提取比例提高到2%，并将其他企业提取坏账准备金的比例提高到1%.另一种意见则认为，根据税法确定性的原则，对企业因估计而计提的各种准备不得在税前扣除，这是税法与会计准则的重要差异之一。
四是规范公益、救济性捐赠的扣除。统一的税法应统一内外资企业公益、救济性捐赠的扣除标准，并将计算依据由应纳税所得额改为年收入总额，避免实际操作中的倒算问题。在扣除标准上，一种意见认为应适度提高捐赠扣除比例，并规定超过扣除限额的部分向以后年度结转扣除，但最长不得超过5年。另一种意见则认为，只要明确公益、救济性捐赠是通过境内非营利的社会团体、国家机关向公益性事业的捐赠，那么就不应当设定任何比例限制，允许据实扣除，这有利于鼓励企业家的慈善行为，促进我国慈善事业的发展。
所得税一体化（消除对股息的经济性双重征税问题）
当企业向其股东分配税后利润——股息时，就产生了所得税一体化问题。分配给股东的股息，企业已经缴纳了企业所得税，股东收到股息构成股东的所得，还应当根据企业所得税法（企业股东）或个人所得税法（个人股东）再次缴纳所得税。如何消除对股息的这种经济性双重征税，是企业所得税立法中必须考虑的问题。从国际实践看，对股息的征税主要有三种代表性的模式。一是古典体制，即分别对企业与其股东就股息进行征税，不消除双重征税问题。古典体制促使企业保留利润不分配，不利于资本合理流动，并且易导致企业的借款融资偏好，弱化资本，但征管简便，美国一直采用这种体制，但现在也已开始筹划改革。我国目前对股息采取这种征税体制。二是归集抵免制，即收到股息的股东可以用企业已经缴纳的所得税全部或部分抵免其应缴的所得税。归集抵免制以股东作为企业税负的最终承担者为假设前提，认为企业所缴所得税只是对股东所得税的预缴，对于企业利润（包括分配与未分配的）的征税最终归集到股东层面。归集抵免制很好地消除了对股息的双重征税，但其最大缺点是征管复杂，需要对企业和股东的纳税统筹综合管理，企业需要长期保存股东可抵扣税额账户，对不同来源的可分配利润进行分类归集分析，而且当涉及到外国股东时，抵免体制将失效。2001年以前，该体制在OECD国家的倡导下，成为世界税制的主流，尤其是发达国家大多采用这种体制。三是股息减半扣除制，即对于股东收到的股息，仅对其一半征收所得税。股息减半扣除制由德国在2001年首先采用，该体制回避了归集抵免制征管复杂、对外国股东无法抵免的弱点，部分消减了对股息的双重征税，而且，操作简便，只需关注股东层面的所得税就可以达到目的。目前，该体制在欧盟的推动下，已经被OECD很多成员国所认同并采用，包括美国也在考虑启用。
统一后的企业所得税法如何消除对股息的双重征税，包括两个方面：
一是如何消除对公司间股息（企业分配给法人股东的股息）的双重征税。目前，多数意见认为，对国内法人之间控股获得的股息收入应当免税，因为此时的股东不是最终股东，即不是最终负有纳税义务的个人。而且，免税可以鼓励企业做大做强。
二是如何消除对个人股东获得的股息的双重征税。这涉及到企业所得税和个人所得税如何协调的问题。一种意见认为，由于我国目前实行个人所得税的分类课征模式，对股息收入适用20％的比例税率，对该类所得的抵免无法反映个人股东的真实纳税能力，不具备实行归集抵免制的条件，甚至也无法采取消除双重征税的措施，因此还应当保留古典体制。另一种意见则认为，古典体制不利于资本的合理流动，应当予以改革，由于股息减半征收体制能够部分消除对股息的双重征税，而且操作简便，适合我国目前的征管体制和水平，应当考虑采取这种体制。
企业所得税的征收管理
对于目前企业所得税实行“国地税共管、收入中央和地方共享”的征收管理体制。一种意见认为，如果两法合并后企业所得税仍由国税、地税分别征管，应当按国地税所分管的主体税种来划分征管范围，即缴纳增值税企业的所得税由国税负责征管，缴纳营业税企业的所得税由地税负责征管，业务范围即缴纳增值税又缴纳营业税的，以其主营业务为划分标准，即主营业务缴纳增值税的企业所得税由国税征管，主营业务缴纳营业税的企业所得税由地税征管。另一种意见认为，应当由一套税务机构对企业所得税统一征管。
