我国现行房地产税收制度主要涉及14个税种，目前实际征收的有12种。按照征税发生的环节区分，可以分为房地产的取得、保有和流转三个环节的税收。发生在房地产取得环节的税收有两种，即耕地占用税和固定资产投资方向调节税，但后者已暂停征收。耕地占用税的征税对象是占用耕地建房和从事其他非农业建设的行为。针对房地产保有环节的税收有三种，分别是城镇土地使用税、房地产税和城市房地产税。
在房地产流转环节，我国目前设置的税种主要有营业税、企业所得税、外商投资企业和外国企业所得税、个人所得税、房产税和城市房地产税（此环节两种房产税均按照纳税人出租房产的租金收入计征）、土地增值税、印花税、契税、城市维护建设税。此外，与城市维护建设税征收方式类似的教育费附加也可以视同税收。
我国目前与房地产相关的收费项目繁多，且各地方的情况差异较大。就一般情况而言，收费项目在数十种之多，收费的性质有的属于地租，有的属于服务成本代偿。收费一般进入地方财政的预算外资金，成为地方财政收入的重要补充。
一、税费种类繁多，税租费概念混淆不清
目前我国与房地产直接有关的税种多达14种，其中实际征收的有12种，占我国实际征收税种数量（24种）的一半。收费项目就更加繁杂，一般都在几十种，多的地方甚至超过百种。
税、租、费本来各自性质不同。税收是国家凭借其政治权力强制、无偿、固定地占有的一部分国民收入，是补偿政府提供普遍服务所需的代价；地租是土地所有者凭借其土地所有权向土地使用者索取的使用土地的报酬，体现的是一种纯粹的经济关系；费则是政府有选择地补偿为特定公民群体提供特定服务所需费用，解决的是享受特殊服务的公民与非享受特殊服务公民之间的公平负担问题，体现的是政府及有关部门与土地使用者间的等价交换关系。
我国目前房地产税费体系中租、税、费混杂现象严重，以税代租、以费代税、以税代费、以费代租的现象都有存在。由于三者之间界限混淆，降低了税收的严肃性、规范性，滋长了乱收费的不良风气，也使得税收的宏观调控功能受到了限制和削弱。
二、税制结构不合理，房地产保有环节税负畸轻而流转环节税负畸重
目前我国房地产税制政策基本上是不卖不税，不租不税，一旦租售，则数税并课，造成房地产保有环节税负畸轻而流转环节税负畸重。如对土地而言，取得环节的耕地占用税和使用环节的城镇土地使用税税额标准均较低，起不到调节土地级差收益，促进高效、集约用地的作用；对房产而言，保有环节的房产税对所有非营业用房一律免税，起不到作为财产税对收入分配进行调节的作用。
而在房地产的流转环节，除了税费种类繁多以外，土地增值税的税率高达30%-60%，若再加上5%的营业税和33%的企业所得税，企业的实际平均税负水平达到40%以上，高于世界多数国家和地区的水平。流转环节的税负过高，不仅阻碍了房地产市场的形成和发展，也使逃税等规避和投机行为多发，使税收的严肃性受到挑战。
三、税制本身存在有欠公平之处
主要体现在内外税制不统一和城乡税制不统一两个方面。内外税制的不统一使内资企业的税负高于外资企业（具体差异见右表），有悖于WTO的国民待遇原则和公平竞争的原则。城乡税制的不统一指的是城镇企业的房地产征税而农村企业的房地产不征税，同样造成不公平竞争，也不利于促进农村土地的集约化利用。
四、计税依据不科学，征管漏洞大
由于我国尚未建立起房地产评估制度，使得房地产的占有、使用和转让交易等诸多方面的计税依据难以合理确定。目前也还缺乏对房地产的严格的注册登记制度，使纳税人在纳税申报时有弄虚作假的机会，而税务机关对此又无法查实。
五、房地产行政事业收费体系混乱，重复收费，计征不规范
各地的行政收费不同程度地存在如下现象：
①市政建设重复收费，如企业缴付了土地出让金，还要缴纳综合性的市政建设配套费、单向性的配套设施建设费，有的地方还要以实物向有关部门提供居委会、派出所、中小学校舍等设施，类似的配套设施费用往往占缴纳总费的70%-80%.
②征地费与土地使用费重叠。
③对土地转让收益重复计征。
④某些管理费重复收取，部分收费项目不合理。
