云南省人民政府73号文件提出，2009年至2012年，由省财政每年安排3000万元专项资金，用于全省县级审计机关实施云南审计发展工程（以下简称“云审工程”）。目前，第一批2009年度专项资金已下拨各地。为管好用好专项资金，确保发挥最大效益，切实为基层审计机关营造一个良好的工作环境。12月1日，云南省财政厅和审计厅联合出台了《云南审计发展工程专项资金管理办法》（以下简称《办法》），共分十五条，从以下四个方面对其管理使用作了明确规定：

　　一、明确了专项资金管理的原则。“云审工程”专项资金必须按照统筹规划、科学立项、统一分配，按计划拨付、单独核算、专款专用、跟踪问效的原则进行管理，任何单位和个人不得以任何形式挤占或挪用。对使用该项资金形成的资产，一律按照行政事业单位国有资产管理规定实行严格管理。

　　二、确定了专项资金使用的范围。“云审工程”专项资金是指用于实施“云审工程”项目的省级专项补助资金和地方专项配套资金。主要用于基层审计机关人员培训、基础设施建设、信息化建设、制度规范体系化建设和办公楼装修改造补助、办公设备购置等方面。

　　三、规定了三级单位管理的权责。省厅专门成立的“云审工程”领导小组办公室主要负责省级专项补助资金的管理、年度资金分配计划、监督检查和决算汇总、编报等工作；16个州（市）审计局主要负责协调落实配套资金、监督检查项目执行情况、资金管理使用情况、组织绩效考评，以及向省厅汇总、上报年度决算等工作；使用资金的县级审计局主要负责项目年度计划制定、报审、实施、决算编报和日常管理等工作。

　　四、提出了专项资金监管的措施。《办法》提出，财政、审计部门要对资金的安全性、合规性和效益性实行跟踪问效；对于弄虚作假或不按计划实施项目、擅自变更项目内容、挪用专项资金等行为，省财政厅和审计厅将视情况采取停止拨款、暂停安排新的补助资金或收回资金等处罚措施，并在全省通报；情节严重的，将实行行政问责和追究法律责任。