一是积极开展审前调查，做到胸中有数。应深入财政局、卫生局等相关单位，调查了解新型农村合作医疗参合的基本情况、定点医院设置情况、农村合作医疗基金征集程序及其票据的使用管理情况、合作医疗基金专户设置情况、中央、省、市三级财政资金拨付到位情况等，把握“合作医疗基金管理办法”的精神实质。同时深入定点医院调查了解参合农民的住院情况等，制定切实可行的审计实施方案。

　　二是从政策制度入手，关注制度执行情况。审计中应认真研究新型农村合作医疗制度、政策，一方面注意总结积累经验，另一方面注意发现制度、政策漏洞及执行不到位问题，提出有针对性的建议，促进各项制度的完善。

　　三是运用效益审计理念对新农合资金筹集、使用及管理情况进行分析。积极探索效益审计的新路子，以新农合资金运行链条为线索，审计新农合资金拨付情况，分析资金拨付效益；审计各级新农合管理机构监管情况，分析资金管理效益；审计新农合资金的使用情况，分析资金使用效益；审计新农合制度的执行情况，分析制度、政策的效应。

　　四是关注农村三级卫生网络建设及服务水平。目前，各级政府对三级卫生服务体系建设相当重视，投入了大量资金，这部分资金还在投资的初期，审计中应重点关注该资金的管理使用情况，促进专款专用，提高农村卫生服务能力，推进农村医疗改革。

　　五是要切实维护农民利益。立足于服务农民、维护农民利益，加大对侵害农民利益问题的揭露和查处力度，促进发挥新农合制度的惠民效益。