新型牧区合作医疗制度是东苏旗实施的重点民生工程之一，中央和地方对新型牧区合作医疗补助资金投入的力度很大，补助资金从中央到地方逐年增加。中央、自治区、锡盟和我旗补助资金分别由2007年的20元、15元、5元、10元逐步提高2010年的60元、50元、15元和15元。

　　在2009年我旗新型牧区合作医疗基金收入的构成中，中央和自治区新型牧区合作医疗补助资金分别占总资金的32%和33.7%，两项合计65.7%，占一半以上。2009年我旗牧区合作医疗基金总入为2，020，839.35元，其中：牧民个人缴费收入为282，000.00元，占总收入的14%；中央补助收入为648，500.00，占总收入的32%，是牧民个人缴费额的2.3倍；自治区补助收入为680，000.00元，占总收入的33.7%，是牧民个人缴费额的2.4倍；盟级补助收入169，800.00元，占总收入的8%；地方财政补助179，000.00元，占总收入的8.8%；医疗救助收入为57，580.00元，占总收入的2.9%；利息收入为3959.35元，占总收入的0.6%。

　　东苏旗审计局对新型牧区合作医疗基金审计调查结果表明：新型牧区合作医疗制度将使牧民群众得到越来越多的实惠。