2010年，福州市审计局对福州市粮食局2009年度预算执行情况进行了审计，针对审计发现的招标代理方式不规范、往来账款未及时清理的问题提出审计意见。该市粮食局积极落实整改，召集本部和下属相关单位对招标代理方式不规范问题，要求今后凡是系统内涉及工程招投标事宜的一律严格按《福建省招标投标条例》的有关规定执行，该局本部相关部门将进一步加强指导、监督、检查；对往来账款未及时清理问题，及时向该市财政局上报专文《关于请求对历史遗留的长期挂账进行专项处理的函》，对下属单位的借款，要求相关借款单位限期分批收回。同时，该市财政局根据《福州市审计局关于福州市粮食局2009年度财政收支决算（草案）审计报告》和现行财政财务的有关规定，同意该局将历年结存的修购资金、专项拨款余额、利息全额转为项目支出结余，并将上述转增的专项结余弥补历年基本支出超支和核销坏账损失后，按原资金用途作为粮食仓库维修及技术设备更新改造资金安排使用。