汉川审计局从2006年起连续4年对全市新农合医疗基金的管理使用情况及新农合政策执行情况开展审计和审计调查，通过审计发现的问题先后有针对性地提出加大新农合政策宣传力度，强化新农合基金财务管理，扩大新农合政策受益面和医疗服务网络等多条审计建议。该市政府采纳审计建议，积极进行整改，取得明显成效。

　　2007年审计建议促成全市强化乡镇卫生院和村卫生室财务收支管理，做到了就诊有登记、取药有处方、收费有收据、补偿有凭证、财务有账目；门诊统筹补偿试点乡镇建立门诊处方额控制制度；实行公开公示制度，将新农合基本用药条目及价格、诊疗服务限额标准、补偿比例和参合病人的医疗费用、报销补偿数额进行公示，让群众心中有数。

　　2008年审计建议督促全市认真执行新农合违规预警通报制度，按照“大病为主，小病兼顾”的原则，率先在全省将15种慢性病门诊纳入全市合作医疗管理，实行了单种病限额付费制度，推行了参合人员门诊统筹。

　　2009年审计建议督促合管办修订了医疗机构住院费用的报销比例，提高住院费用起付线上报销比例10个百分点和将报销封顶线由1.6万元调整为2万元，参合农民受益面和受益程度进一步提高。

　　2010年新农合基金审计成效更为突出。一是计算机审计查出新农合基金信息系统存在的三处设计缺陷和一处系统设计错误，从技术层面上改进了信息系统的设计缺陷，使基金信息系统得到改进和完善。二是由于意外伤害补偿公式设置错误，造成132人少补偿5.5万元的问题，已按照业务档案名单补偿到人。审计整改督促新农合政策不断落实到位，让参合农民最大限度受益，极大提高了广大农民的参合热情，到2009年底该市参合人数已达73.3万人，参合率达94.5%，比2005年提高近36个百分点，其它统计指数也好于全省平均水平，2007年以来该市一直保持着“全省新型农村合作医疗先进县市”的称号。