乡镇卫生院是实行新型农村合作医疗的基础，也是加强基层医疗卫生机构建设的重点。根据江苏省《关于深化医药卫生体制改革的实施意见》和《基层医疗卫生服务体系建设与发展规划》要求，每个建制乡镇必须设立一所政府举办的卫生院。针对目前不少乡镇卫生院已经改制，股权为个人所有的现状，采取政府对镇级卫生院进行股权回购是较为可行的方法，而资产清理又是确保股权回购顺利完成的一个关键环节。为此建议：（一）以账面资产真实性审计为基础，确认现有资产价值。镇级卫生院是事业性质单位，从本质上讲，医院所构建的固定资产和添置的医疗设备，不是完全以营利为目的。因此，在镇级卫生院资产清理审计中，对所有资产不做重新评估。但对账面资产的真实性和完整性，要做好全面清理和核实工作。（二）以收支结余真实性审计为重点，正确维护三者利益。重点审计核实收入、支出和结余的真实、准确和合规性；核实结余分配的准确、合理合法性；核实专用资金、基金使用合规性，是否做到专款专用。通过科学、合理、准确界定镇级卫生院的各年度实际结余，正确维护国家、股东和职工三方面利益。（三）明确资产清理审计依据，确保审计中运用尺度一致。财政和卫生主管部门应明确镇级卫生院资产清理审计的依据，并做好对参审计人员的培训和辅导，使得审计人员在清理过程中做到标准统一，尺度一致，保证审计结果客观公正，公平合理。