轨道交通是投入多、周期长、工程量大的项目。近年来，南京市审计局积极探索城市轨道交通工程审计模式，按照“积极稳妥，量力而行，提高质量，提防风险”方针，分别对南京地铁一号线、二号线和一号线南延线等项目采用了年度跟踪审计、在建工程审计与竣工决算审计相结合的模式，在不同的建设时期均取得了良好的效果。

　　一是年度跟踪审计与竣工决算审计相结合。地铁一号线线路长度达到21.72公里。工程于2000年12月12日正式开工，2005年9月3日通车。从1999年该项目立项开始，地铁一号线采用的是每年不定期跟踪审计，年终出具正式的财务收支报告。

　　在跟踪审计中，根据不同的建设时期，确定不同的审计工作重点。项目建设初期，主要查证建设资金计划来源与资金实际来源是否相符、合规，资金到位情况是否能够满足工程进度的需要等问题。而在项目建设后期，主要是开展单项工程结算审计。通过跟踪既突出财务审计又关注工程结算审计。

　　二是在建工程审计与竣工决算审计相结合。地铁工程工期长，往往到竣工时，有些前期工程超过了保修期，尾款已付完甚至无法找到施工单位当事人。如果到了这个时候再开展竣工决算审计，会给审计带来了很多困难。为避免这种现象的出现，该局先采用概算审计与分段在建工程审计模式，到竣工时把已审的拆迁费用、各标段的工程结算、未审的结算以及全面的财务审计情况综合而成决算审计报告。

　　在地铁二号线的跟踪审计中，该局先是按政府要求，开工前对其概算进行了审计。随后，以专项审计调查形式对其一期工程沿线5个区及2个指挥部的征地拆迁财务收支情况进行了审计。地铁二号线正式开工后，则改进审计方式，采用“全程监督、循序渐进、分段实施”的模式，平时定期跟踪审计，发现问题及时出具跟踪审计意见书，对资料齐备的项目，条件成熟一个就审计一个。同时优化了审计流程，采取财政部门评审和政府审计同步进行的方式，将一号线先由财政部门评审后由审计部门审计的程序，合为一次审计。