随着新疆经济社会的不断发展，尤其是为贯彻中央新疆经济工作座谈会提出的新疆经济跨越式发展和长治久安的战略目标，各单位、各部门逐步加强了内部审计工作，对规范管理、提高效益、维护财政经济秩序、加强廉政建设、促进改革开放和经济健康发展发挥了重要作用。截至2009年底，全疆从市内部审计工作的专（兼）职审计人员队伍已成为加强各单位内部监督，规范内部管理的一支重要力量。

    为加强对内部审计工作的管理，理顺内部审计管理机制，审计厅党组为贯彻《中华人民共和国审计法》和《中华人民共和国审计法实施条例》，结合新疆内部审计工作发展需求，向新疆维吾尔自治区“三定”评估检查组提出增设内部审计管理处的建议，并专题上报了增设机构的请示，得到了自治区领导和相关部门的高度重视和大力支持。在增加编制十分困难的情况下，于2010年12月3日，由新疆维吾尔自治区机构编制委员会正式下文同意审计厅增设内部审计管理处，并明确了主要职责，进一步加强了审计机关对内审机构的指导、监督、管理和服务力度，充分发挥内部审计“免疫系统”功能的作用。