一是专项资金审计与同级财政审计相结合。重点审计上级拨入、本级政府年初预算安排的专项基金是否及时足额到位，是否拨入财政专户进行管理并及时分配下拨，核查有无不按政策规定分配、超范围拨付、滞留未拨、虚列支出、挤占挪用、截留转移或用于平衡财政预算等问题。二是专项资金审计与审计调查相结合。专项资金涉及部门多，覆盖面广，使用分散，可对专款实施抽样审计。这样有利于扩大审计覆盖面，提高审计质量与效益，既可查出资金管理中存在的问题，又能考核资金使用的整体效益。三是专项资金审计与财务收支审计相结合。目前，有些单位的专款没有建立专帐，而是与单位经费放在一起核算，只有将专项资金审计与财务收支审计有机结合，才能分清专款来源与经费来源、专项支出与经费支出，确认经费与专款是否存在打通使用的现象，确认经费是否挤占了专款。四是专项资金审计与经济责任审计相结合。有利于加强对领导干部权力的制约和监督，增强其专款管理的责任意识。