暨2011年首次开展安徽合肥市财政支持工业、自主创新、现代农业、服务业绩效评估后，2012年5至9月，安徽省合肥市审计局对该市2011年度自主创新资金使用绩效情况进行了专项审计调查，调查重点了解2011年度自主创新资金管理使用和自主创新政策落实情况，延伸审计调查了部分项目单位。调查显示2011年该市继续实施推进自主创新若干政策，完善配套管理制度，加大资金投入，取得了较好的社会效益和经济效益。调查同时指出该市自主创新资金在管理方面存在部分配套制度未及时出台，兑现不符合政策规定资金，部分“一事一议”项目后期管理不到位等问题。该局在审计调查报告中提出加快完善政策规定的相关配套制度建设、加快制定政策兑现实施细则、加强“一事一议”项目管理等切实可行的建议。报告得到领导高度重视，省委常委、市委书记吴存荣同志批示相关部门要针对审计发现的问题抓紧整改到位。