1、单证收集整理。
收齐出口货物核销单（出口退税专用联）、出口货物报关单（出口退税专用联）后，找出相对应的出口货物销售统一发票（出口退税专用联），简称“两单一票”，按核销单、报关单、发票的顺序放在一起，组成一个退税关联；并将当月收齐的退税单证以发票所在的当月免抵退税申报明细表的顺序整理，在外销发票右下角写上关联号，关联号以三位数，例如001、002等。
2、检查核销单、报关单的有关印章是否齐全。
核销单上有四个章，即国家外汇管理局监制章、出口企业公章（骑缝章）、签发出口货物报关单的海关验讫章（骑缝章）、当地外汇管理单位的收汇核销章；报关单上应有出口货物签发单位的验讫章。如缺少上述印章，应马上退回有关单位补盖公章；如核销单上有关单位公章盖偏，请及早复印核销单存根附在核销单退税联后面。
3、检查“两单一票”之间的内容是否符合退税要求。
（1）核销单上的栏目是否填全；（2）核销单、报关单、发票上的出口货物名称、数量、成交价格是否一致；（3）核销单上的报关单号是否和报关单编号一致；报关单上的批准文号是否和核销单上的编号一致。(4)发票上企业外销法人章、销售收入章是否已加盖，销售收入、离岸价、入帐凭证号码是否已填全。
4、检查每笔收齐单证的退税业务是否足额收汇。
收汇金额可以外汇管理部门确认的核销金额加上在核销单上注明的其它费用，如果收汇金额少于该笔业务的离岸价的95%，那么则应按实际收汇金额计算申报出口退税，如果收汇金额少于离岸价但大于该笔业务的离岸价的95%，则可以离岸价全额申报出口退税。
5、出口退税预申报。
为了确保当月齐全单证免抵退税额的准确，企业需将当月收齐的退税单证录入退税申报系统，在每月10日报退税部门预审，预审通不过的，企业应撤掉该退税单证，并调整申报数据。在每月13日前按有关规定将应报送的全部资料向退税部门办理正式申报。
6、出口退税正式申报退税凭证的装订。
装订顺序为：（1）出口凭证封面；（2）出口退税免抵退税审批汇总表；（3）生产企业进料加工贸易免税证明；（4）生产企业进料加工进口料件申报明细表；（5）出口货物退税申报汇总表；（6）退税进货凭证明细表；（7）退税申报明细表；（8）核销单、报关单、外销发票。其中（6）、（7）另备一份不要装订随单证一起报送，以供税务机关人员审核时用。
7、装订退税单证。
月份之间用白纸隔开，在白纸上注明月份、关联号数、是否已全部申报。如果本月有发票号码不须正式申报的，如：开错发票已重开红票冲转；已办理退运等，也应在纸上注明。
8、退税申报软盘的申报。
软盘上应注明下列内容：（1）企业海关代码：（2）企业名称；（3）当年度第XX次申报；（4）申报年月（如：200901）；（5）申报退税额。