要保管好会计档案，首先要严格执行安全和保密制度。
安全，是指会计档案完好无损，做到不丢失，不破损，不被虫蛀等。安全制度，包括会计档案的保存、保护责任制，检查、监督方面的制度。
保密，是指会计档案的信息不能超过规定传递的范围。保密制度，包括接受会计档案信息的范围、对象，利用会计档案时保密的程序、方法，以及各环节保密的责任等。
其次要严格执行检查、保管制度。要有专人负责保管会计档案。有关单位、人员要定期不定期地检查会计档案的保存情况，要严格按规定的程序、技术方法处理档案保存中的问题。单位合并和建设项目竣工后的会计档案，应随同单位的全部档案一并移交上级指定的单位，并按照规定编制移交清册，办理交接手续。省级以上机关应将永久保存的会计档案在本单位保存20年后，省辖市（地）和县以下机关应将永久保存的会计档案在本单位保管20年后，连同案卷目录（一式三份）和有关的检索工具及参考资料，一同向有关的档案馆移交。
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