对会计档案进行整理是会计档案管理的重要内容，是保存、利用会计档案的前提，会计机构和会计人员必须认真对待，努力做好。
（1）会计凭证的整理。
会计凭证是会计档案的重要组成部分。《会计基础工作规范》对会计凭证的整理、装订、保管都有明确的要求。会计凭证要做到装订整齐、完整、牢固，妥善保管，便于查阅。
整理会计凭证，首先，要把所有应归档的会计凭证收集齐全，并根据记账凭证分类。记账凭证一般分为现金收、付款凭证，银行收、付款凭证，转账凭证，共三类五种。根据不同的种类，按时间或按顺序号逐张排放好。其次，整理记账凭证的附件，剔除不属于会计档案范围和没有必要归档的一些资料，补充遗漏的必不可少的核算资料。再次，清除订书针、曲别针等金属物。最后，将记账凭证按适当厚度分成若干本。将会计凭证整理好后，应按照有关规定的要求，认真做好会计凭证的装订工作。
（2）会计凭证的归档。
首先，要认真填好会计凭证的封面。封面各记事栏是事后查账和查证有关事项的最基础的索引和凭证。其次，填好卷脊上的项目。卷脊上一般应写上“×年×月凭证”和案卷号。再次，将装订好的凭证入盒，由专人负责保管。
（3）会计账簿的整理。
年度终了，各种账簿（包括仓库的材料、产成品或商品的明细分类账）在结转下年、建立新账后，一般都要把旧账送交总账会计集中统一整理。首先，将活页账按页码顺序排好，加封面后装订成本。然后，将各种账簿按照会计科目顺序排列，据以逐本登记会计档案（会计账簿）封面。会计账簿封面的有关内容要写全。
（4）会计报表的整理。
会计报表一般在年度终了后，由专人（一般是主管报表的人员或财会机构负责人）统一收集、整理、装订，并立卷归档。平时，月（季）度报表，由主管人员负责保存。年终，将全年会计报表，按时间顺序整理装订成册，登记会计档案（会计报表）目录，逐项写明报表名称、页数、归档日期等。经会计机构负责人审核、盖章后，由主管报表人员负责装盒归档。
（5）其他会计资料的整理。
其他财会资料，包括年（季）度成本、利润计划、月度财务收支计划、经济活动分析报告、工资计算表及一些重要的经济合同，也应随同正式会计档案进行收集整理。但是，这部分资料不全部移交档案部门，有的在一个相当长时间内，由财会部门保存。这就需要认真筛选，把收集起来的这些资料，逐件进行鉴别，将需移交档案部门保管存放的，按要求另行组卷装订，而后移交档案部门。
会计档案的整理要规范化。封面、盒、袋要按统一的尺寸、规格制作，卷脊、封面的内容要按统一的项目印制、填写。要做到收集按范围，整理按规范，装订按标准。