新《企业会计准则——应用指南》附录规定，“商誉”科目用来核算企业合并中形成的商誉价值。商誉发生减值的，可以单独设置“商誉减值准备”科目，比照“无形资产减值准备”科目进行处理。“商誉”科目期末为借方余额，反映企业商誉的价值。由此可见，《企业会计准则》没有将商誉列入无形资产范畴，而是在“商誉”科目单独进行核算，同时规定可以对商誉计提减值准备，但未规定商誉可以进行摊销。与《企业会计准则》不一致的是，税法仍把商誉归为无形资产，由此造成会计和税法对商誉的处理存在一些差异。
由于经营有方，A商场的营业额和赢利水平均好于规模相当且地理位置更优越的其他同类商品零售企业。2年前，A商场为了开拓其他经营领域，需要筹集大额资金，但融资困难，于是决定采取资本扩张策略。为了在与其他单位洽谈合作的过程中取得优势，A商场请评估公司对其商誉进行了评估，并依据评估报告作如下会计处理：借记“商誉”6000万元，贷记“资本公积”6000万元。由于谈判失败，A商场寻求合作未获成功，但A商场从商誉挂账的次年初起，每个月对商誉进行摊销，并在税前扣除50万元，全年累计扣除了600万元。1年后，税务机关对A商场进行检查时才发现该问题。
A商场财务负责人对此解释道尽管《企业会计准则》没有把商誉列为无形资产予以摊销，但《企业所得税法实施条例》第六十五条规定，《企业所得税法》第十二条所称无形资产，是指企业为生产产品、提供劳务、出租或者经营管理而持有的、没有实物形态的非货币性长期资产，包括专利权、商标权、商誉等。同时，《企业所得税法实施条例》第六十七条第一款和第二款规定，无形资产按照直线法计算的摊销费用，准予扣除。无形资产的摊销年限不得低于10年。所以，A商场在会计准则没有明确规定的情况下，按照税法规定对商誉进行了摊销。检查人员指出，《企业所得税法》第十二条规定，在计算应纳税所得额时，企业按照规定计算的无形资产摊销费用，准予扣除。下列无形资产不得计算摊销费用扣除：(一)自行开发的支出已在计算应纳税所得额时扣除的无形资产：(二)自创商誉。A商场的商誉就属于自创性质，因此不可以税前扣除。另外，《企业所得税法实施条例》第六十七条第四款规定，外购商誉的支出，在企业整体转让或者清算时，准予扣除。可见，即使是外购的商誉，也必须在企业整体转让或清算时才准予扣除。
纳税人存在涉税问题，并不一定都采取了弄虚作假的手段，相当多的税收问题是由于纳税人对税法的片面理解导致操作时出现了错误。对于这类问题，只要检查人员熟悉相关业务就很容易发现。所以，检查人员必须熟练掌握税法及相关法律法规的规定，对账面上的涉税问题进行全面的排查和正确的分析。此外，纳税人往往会从有利于自身的角度去理解和执行税法，这就难免存在片面和错误，检查人员要善于从纳税入的辩解中寻找其违反税法及相关法律法规的论点、论据，一旦发现，纳税人的问题将不攻自破。