对于应缴税金的会计核算问题，《企业会计准则》和《企业会计制度》仅明确了正常纳税申报情形下的会计处理，而没有说明查补的各种税款如何进行会计处理，这不仅造成企业对查补税款的会计处理无据可依，也在一定程度上造成了查补税款会计处理的混乱，本文介绍的情况就是由于企业利用了该问题上的混乱而差点使查补的税款前功尽弃。
案例某税务稽查组到甲公司例行检查，小崔负责对“应交税费”账户及以往年度查补税款入库情况进行检查。小崔先查阅了上一年度甲公司接受纳税检查的处理决定，发现处理决定上共查补了两笔税款，其中查补的增值税为21万元（本文不考虑相关的城建税和教育费附加），查补的企业所得税为39万元，同时还有加收的滞纳金和罚款37万元。小崔决定对查补税款的入库情况进行追踪，他先调阅出甲公司对查补税款进行处理的3张会计凭证，会计分录分别为：
借：应交税费——应交增值税——已交税金 210000
贷：银行存款 210000
借：应交税费——应交所得税 390000
贷：银行存款 390000
借：以前年度损益调整 370000
贷：银行存款 370000
凭证后均附有相关的缴款票据。但小崔还不放心，于是又核对了相关月份的增值税纳税申报表，查见在申报表的第4项、第16项和第37项均填列了检查出的相关数据。看到查补税款与相关会计处理及纳税申报表核对一致，小崔便认为完成了复核查补税款入库的任务。
当检查各月增值税和各季预缴企业所得税的入库情况时，小崔虽对“应交税费——应交增值税——已交税金”和“应交税费——应交所得税”两账户借、贷方的累计发生额分别进行了复核，但忘记了这两个账户的借方发生额实际上已分别包含了补缴的21万元增值税和39万元企业所得税，而且还将这两笔查补税款分别作为当期已缴增值税和当期预缴企业所得税进行了累计。
检查组长复核小崔的检查情况后，对甲公司年度中间只有50多万元利润，却预缴了50.5万元企业所得税的情况提出了疑问，小崔也觉得这是个问题，但由于其未能检查相关情况而无法回答。当组长询问小崔有没有核对预缴企业所得税的申报表，有没有检查预缴企业所得税计税所得额的组成时，小崔承认没有核对也未检查，于是组长要求小崔将有关情况重新核实清楚。
小崔索取到甲公司当期预缴企业所得税的申报表，该表反映应预缴的所得税仅是11.5万元，补缴39万元企业所得税，两笔合计额正好是50.5万元。再仔细查看“应交税费——应交所得税”账户借方记载的39万元，其摘要栏与其他栏都记载了同样的两个字“纳税”（这样处理具有迷惑性，会使检查人员认为是对同一类事项的处理，往往是企业故意所为）。这时，小崔意识到自己误将缴纳的查补所得税一并作为当期预缴所得税进行了合计的错误，再继续追踪查补的21万元增值税，发现也犯了同样的错误，即将其作为当月正常缴纳的增值税进行了合计。
最终查明，甲公司表面上虽缴纳了查补税款和相关的滞纳金、罚款，但仅是对补缴税款的入库情况进行的会计处理，没有根据检查处理决定指出的问题进行补提税款的会计处理，从而使得缴纳的21万元增值税和39万元所得税实际上又抵顶了当期（或预缴了）税款或仅是补缴了欠税，客观上造成查补的这两笔税款根本没有入库。因此，甲公司实际上还应该对查补的增值税和所得税分别作：
借：以前年度损益调整 210000
贷：应交税费——应交增值税——已交税金 210000
借：以前年度损益调整 390000
贷：应交税费——应交所得税 390000
在事实面前，甲公司不得不承认了存在的问题并接受了处理。
分析一些企业在接受纳税检查后，往往表面上立即补缴了查补税款，但实际上根本没有依据检查处理决定中揭示的问题进行补提相应税款的会计处理，从而使得缴纳的税款仅是作为当期应缴、预缴或补缴的欠税款，如果税务检查人员以后提及此类问题时，企业往往以遗忘或未来得及调账为由搪塞。如果检查人员粗心大意或检查经验不丰富，就很容易让这些企业蒙混过关。实际上对此类问题的检查并不复杂，笔者认为，对于以前年度被检查（包括税务、财政、审计等各部门的检查）过的企业进行检查，如果涉及补缴税款的，检查人员应该注意以下两方面问题：
一是要看以前年度查补的税款有没有入库，分析企业是否将查补入库的税款作为当期应缴、预缴或补缴的欠税款。特别要关注对以前查补的税款有没有根据检查处理决定中列示的具体问题，单独作补提相应税款的会计处理。
二是要看补提税款的会计处理是否正确，主要是看税款的列支渠道是否正确。如查补的企业用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利的购进货物或应税劳务而多扣除的增值税进项税额，就应该计入非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利的购进货物或应税劳务的成本。
而在上述案例中，查补的两笔税款都应计入“以前年度损益调整”，即主要是看列支补缴税金的借方科目是否与检查处理决定中的有关事项相一致。