2008年新企业所得税法的颁布实施，对营造各类企业公平竞争的税收环境，推进税制现代化建设，促进国民经济又好又快发展，意义重大，影响深远。但同时，我们也应该看到，新税法的后续政策制定和配套管理上也出现了一些问题，需要我们予以重视并加以解决。
（一）部分重要政策尚未得到明确
例如：新企业所得税法明确了企业的不征税收入用于支出所形成的费用或者财产，不得扣除或者计算对应的折旧、摊销扣除。但并没有同时明确免税收入或减计收入用于支出所形成的费用或者财产是否也是如此处理。这样就会造成纳税人用免税收入或减计收入对应的成本、费用冲销其应税收入，变相扩大了免税收入或减计收入的范围，实际给予了纳税人双倍优惠。
（二）个别政策虽已明确但缺乏合理性
根据国家税务总局《关于企业处置资产所得税处理问题的通知》（国税函[2008]828号），企业将资产用于对外捐赠，因资产所有权属已发生改变而不属于内部处置资产，应按规定视同销售确定收入。属于企业自制的资产，应按企业同类资产同期对外销售价格确定销售收入；属于外购的资产，可按购入时的价格确定销售收入。
据此，企业以外购商品对外捐赠，由于其视同销售成本可以扣除，企业不仅不产生任何所得，还增加了业务招待费、广告费和业务宣传费这三项费用税前扣除的计算基数。
（三）部分政策虽已明确但执行上缺乏可操作性
1、政策没有明确执行起止时间
国家税务总局在《关于企业政策性搬迁或处置收入有关企业所得税处理问题的通知》（国税函[2009]118号）文件中未规定政策的执行日期，由于文件是在2009年3月12日颁布的，对文件究竟是从2008汇算清缴年度执行，还是从2009文件颁布年度执行便产生了认识上的差异，造成各地执行日期上的混乱。
2、配套管理文件未能出台
根据新企业所得税法，符合条件的非营利组织取得的非营利性收入为免税收入。而根据新企业所得税法实施条例，非营利组织的认定管理办法应由国务院财政、税务主管部门会同国务院有关部门制定。但直至现在，这个认定管理办法还没有制定和颁布，严重影响到非营利性组织享受国家给予的税收优惠。
3、出台的配套管理文件表述不够清晰明确
例如，国家税务总局关于印发《企业资产损失税前扣除管理办法》的通知（国税发[2009]88号）中明确“单项或批量金额较小”的一个标准是“占企业同类资产10%以下”，但这里讲的“同类”指的是大类、小类还是细类，并没有一个具体的标准。另外，对于“单项或批量金额较大的，需提供外部专业技术鉴定部门的鉴定报告”，这里所说的“外部专业技术鉴定部门”具体是指什么部门，基层主管税务机关和纳税人在实际操作中感觉很难把握。
4、配套管理文件出台时间严重滞后
2009年4月30日，财政部国家税务总局出台了《关于安置残疾人员就业有关企业所得税优惠政策问题的通知》（财税[2009]70号），文件规定企业享受安置残疾职工工资100%加计扣除应同时具备四个方面条件，其中，条件之一是“定期通过银行等金融机构向安置的每位残疾人实际支付了不低于企业所在区县适用的经省级人民政府批准的最低工资标准的工资。”文件还规定自2008年1月1日起执行。这对事先不知道这一规定，没有定期通过银行等金融机构向安置的每位残疾人支付工资的企业，便会因这一规定而不能享受这一优惠政策。
5、配套管理文件仍不具可操作性
为加强对企业工资薪金和职工福利费的管理，国家税务总局制定了《关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函[2009]3号），明确税务机关在对工资薪金进行合理性确认时，可按五项原则掌握。但这些规定也是非常原则的。如“企业制订了较为规范的员工工资薪金制度”，“规范”怎么把握？“企业所制订的工资薪金制度符合行业及地区水平”，“行业及地区工资薪金标准”怎么取得？“不符合行业及地区水平”怎么认定？这些在实际工作中都很难判断。
（四）新旧政策衔接过渡中存在的问题
根据国家税务总局关于印发《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》的通知（国税发[2009]31号）“企业销售未完工开发产品取得的收入，应先按预计计税毛利率分季（或月）计算出预计毛利额，计入当期应纳税所得额。开发产品完工后，企业应及时结算其计税成本并计算此前销售收入的实际毛利额，同时将其实际毛利额与其对应的预计毛利额之间的差额，计入当年度企业本项目与其他项目合并计算的应纳税所得额。”由于政策变化，外商房地产企业由“抵减已缴税额”转为“抵减应纳税所得额”，在新企业所得税法将税率由33%降为25%情况下，企业会多缴8个百分点的税款。对这部分多缴税款如何调整，目前尚无具体文件规定。
（五）政策发布解读中存在的问题
除了前述文件在起草制定上问题外，在文件公布下发过程中，也还存在很多问题。突出表现在“慢、少、多”三个字上。
一是政策发布慢。文件出台后，总局对外公布时间总是滞后于社会，不能在第一时间向社会公布，使文件发布的权威性、时效性受到很大影响。
二是政策权威解读少。大部分政策文件没有进行同步解读，口头解释多于书面解释，“小道”解释多于权威解释，民间解释多于官方解释，概括起来就是非正规解释多于正规解释。另外，在具体解释中还存在多头解释、个人解释、不同人员解释不同等情况。
三是各类社会培训班和培训教材多。由于官方正规渠道解读少，给社会培训带来巨大商机。各类社会培训班四处兴起，各类培训教材层出不穷。有些培训班，邀请所谓的“专家”，谈的都是个人观点和理解，有的培训教材东拼西凑，刚出版即已过时。