在纳税人中，存在着一种较为普遍的现象，即每当新税政出台时，一些纳税人往往会从所谓纳税筹划的角度对新税政做出有利于自身的解释，而这种一厢情愿的解释很可能带有严重的偏颇甚至错误。所以，要正确理解和执行新税政，纳税人不仅要从独立、客观的角度去学习它，还要及时主动向有关税务机关咨询，避免出现不必要的错误。
在某税务检查组去甲房地产开发公司例行检查2008年度的汇算清缴时，预收账款核算的准确性和计缴税额的正确性成了此次检查的重点。
甲公司财务部按照预收账款预缴企业所得税的计算过程是：先核实并确定2008年末的预收账款余额；然后，按照国税发[2009]31号文的规定确定预计计税毛利率为10%；再按照预收账款年末余额和10%的预计计税毛利率计算当年度预计计税毛利额；将计算的计税毛利额扣除相关期间费用、营业税金及附加后再并入当期应纳税所得额；计算年末预收账款应补缴的企业所得税（减除当年度前三个季度按预收账款预缴的所得税）。该公司财务人员解释说，他们是在认真学习文件并咨询了税务顾问后才决定这样操作的。
尽管检查人员对第三点、第四点和第五点提出了疑问，但甲公司财务人员却拿出国税发[2006]31号文解释说，该文虽已废止，但国税发[2009]31号文未能明确的内容可以并应该借鉴国税发[2006]31号文的相关规定。如国税发[2006]31号文的第一条就明确规定：预售收入先按预计计税毛利率分季（或月）计算出当期毛利额，扣除相关的期间费用、营业税金及附加后再计入当期应纳税所得额。而且，国税发[2009]31号文对税金扣除问题未能明确，同时，对是否按照国税发[2009]31号文规定的预计计税毛利率调整此前已经预缴的企业所得税的问题，也未能明确。因此，税务机关不能随便做出不利于纳税人的解释。
虽然甲公司财务人员的解释听上去很有道理，但检查小组经讨论后认为，其计算过程存在两大错误：
一是在国税发[2009]31号文印发前，对甲公司已经按照国税函[2008〕]299号文规定的“预计利润 率”（15%）计算并预缴的企业所得税，在本次汇算清缴时，不应按照国税发[2009]31号文规定的“预计计税毛利率”（10%）重新计算。因为国税发[2009]31号文规定的“预计计税毛利率”（10%）只适用于该文印发后申报预收账款而预缴的企业所得税，只有待相关开发产品完工、结算计税成本后按照实际利润再行调整。
二是按照国税发[2009]31号文第十二条的规定：企业发生的期间费用、已销开发产品计税成本、营业税金及附加、土地增值税准予当期按规定扣除。所以，对未完工开发产品取得的预收账款按规定计算的预计毛利额可以扣除发生的期间费用（实际上期间费用也无法在已销和未销开发产品之间划分清楚），但不可以扣除相关的营业税金、附加及土地增值税。
针对甲公司财务人员提出的“国税发[2006]31号文第一条允许毛利额扣除相关期间费用、营业税金及附加后再计入当期应纳税所得额，为什么国税发[2009]31号文就不允许”的疑问，检查小组表示，对于开发项目位于其他地区的，国税发[2009]31号文已经将原来10%的预计利润率调低为5%的计税毛利率，如果再允许扣除相关的营业税金及附加，仅扣除5%的营业税后其计税所得额就将变为零，再扣除附加及土地增值税就变成了负数，自然不可能执行。
实际上，国税发[2009]31号文第九条仅是规定了“企业销售未完工开发产品取得的收入，应先按预计计税毛利率分季（或月）计算出预计毛利额，计入当期应纳税所得额”。其并未在此基础上规定，再扣除后面第十二条的“计税成本、营业税金及附加、土地增值税”三项内容。从该文件还可看出，第十二条允许扣除的范围也仅是指“已销开发产品”，即“销售的已完工的开发产品”（因为没有完工的开发产品根本无法结转相关的“计税成本”）。
如果仅允许扣除后面的两项“营业税金及附加、土地增值税”，为什么不可扣除前面第一项“计税成本”呢？因为国税发[2009]31号文根本就没有规定对未完工开发产品取得的收入按照预计毛利额预征企业所得税后可以再扣除“计税成本、营业税金及附加、土地增值税”。实际上，测算预计毛利额时就已经扣除了“计税成本”。
至此，甲公司财务人员终于认同了检查小组的观点。