纳税人可以根据自身情况，经税务机关批准后，自行选择电话申报、银行网点申报、网上申报等数据电文申报方式。
（一）纳税人选择电话申报的，应先在银行账户上存足当月的应纳税款，拨打税务机关电话申报服务号码，据语音提示进行申报，系统会根据申报、扣款情况向纳税人反馈申报是否成功。如有非正常情况申报不成功的，纳税人应到主管税务机关进行上门申报。
（二）纳税人选择银行网点申报的，应到指定银行网点进行申报，银行网点根据纳税人的申报情况通过网络向税务机关核实有关数据后进行扣税处理。如果纳税人有非正常情况的，应到主管税务机关进行上门申报。
（三）纳税人选择互联网申报时，通过互联网向税务机关发出申报申请，税务机关通过资格认定后，纳税人在网上进行申报表及相关资料的报送（增值税一般纳税人进行互联网申报时应首先取得CA安全认证书）。申报成功后，系统向纳税人反馈申报成功信息，如当月有应纳税款，系统提示进行联网扣款或其他方式缴纳税款。如申报不成功，纳税人可根据提示信息进行修正后重新进行申报。
增值税一般纳税人进行互联网申报，还应进行票表稽核比对和运输发票数据的采集。
税务机关每日对接收的数据电文申报数据和银行返回的扣款数据进行税银对账，数据不符的应及时查明原因进行相应处理。对账完成后，征收数据回填到税收征管系统进行汇总上解开票。
纳税人选择数据电文申报方式如果超过法定的申报期限，则电话、银行网点、互联网不再受理申报，纳税人需要到办税服务厅办理逾期申报事宜。
发现有纳税人未按规定申报缴税的，转入税务违法违章处理程序。
纳税人选择数据电文申报方式申报成功后，可在缴纳税款后的连续十二个月内按照约定向银行索取完税凭证。银行作为税务机关的代扣代缴部门，应按规定将《税收转账专用完税证》等向税务机关进行结报，税务机关整理后归档。