根据《国家税务总局关于新版公路、内河货物运输业统一发票有关使用问题的通知》（国税发[2007]101号）精神，受票方取得货运发票后，发生开票有误等情形但不符合作废条件或者因运费部分退回需要开具红字发票的，应由受票方向其主管税务机关填报《开具红字公路、内河货物运输业发票申请单》（以下简称《申请单》）。受票方主管税务机关对《申请单》审核无误后，签发《开具红字公路、内河货物运输业发票通知单》（以下简称《通知单》），然后，受票方持《通知单》要求承运方开具红字运输发票。如果原发票是由税务机关或代开票中介机构代开的，则由承运方负责到原代开方办理开具红字运输发票事宜。
但在开具红字发票过程中应注意以下几个问题：
1、在开具红字发票前，如果开票方（指自开票纳税人）和受票方均未记账、货运发票全部联次可以收回、同时代开发票单位代扣的税款也未入库的，应对全部联次监制章部位做剪口处理后封存，不再开具红字发票，重新开具蓝字发票即可；但如果有一方已经入账、货运发票不能全部联次收回、或代开发票单位已将代扣的税款入库时，则必须开具红字发票。需要注意的是：在这种情况下，在下次领购新货运发票时应将剪口后的货运发票全部联次交税务机关查验留存。
2、受票方为营业税纳税人的，应提供地税主管税务机关签发的《通知单》；受票方为增值税纳税人的，应提供国税主管税务机关签发的《通知单》。
3、开具红字发票时应在价税合计的大写金额第一字前加“负数”字，在小写金额前加“-”号。
4、月末在报送税控盘（或传输盘）数据时应将《通知单》一并交主管税务机关审核、比对；比对不符的，不再允许开具红字货运发票，并按有关规定进行处理。
5、不论是自开票纳税人还是代开票纳税人，因开具红字运输发票而多缴的税款，要及时向主管税务机关（地税部门）申请办理退库手续。