一、目前农副产品收购发票开具存在的主要问题
（一）收购单位擅自扩大收购发票开具的范围。一些收购单位除对正常的农副产品收购业务开具收购发票外，还对一些不该开具收购发票的购货行为，比如本应计入经营费用的运输费、装卸费、包装物等费用，借用农副产品收购的名义混入收购发票的金额之中，虚增收购成本。根据现行税法规定，购进免税农产品准予抵扣进项税额，按照买价、价款和13%的扣除率计算抵扣进项税额，而这里的买价、价款只包括纳税人购进免税农产品时所支付的款项和按规定代收代缴的农业特产税，除此之外，纳税人购进货物支付的运输费、装卸费、保险费、仓储费和其他附加费都不允许计算抵扣。但部分纳税人故意鱼目混珠、混淆黑白，既使承运单位开具运输发票、销货方开具销售发票，也只当作一张废纸，弃之不用，仍要自己开具，从而把运输费、装卸费、保险费、仓储费等其他附加费用都记入农产品价格，加大农产品扣除比例，以达到自己多抵扣进项税额的目的，造成了税款流失。
（二）农副产品收购发票填开的随意性较大，填开不规范。根据规定，收购发票必须按每一笔收购业务逐笔开具，填写时必须项目齐全，内容真实。而目前部分企业在收购发票的使用中经常出现农产品的品名、项目填开不全，缺章、漏章现象严重；出售人信息不全等问题。有的企业 借口业务收购量大、人手不足，往往采用按日汇总填开的形式，不按规定将收购发票逐个开具给收购对象，而是按多个出售人汇总开具，甚至平时不开，于期末根据当期的生产成本倒挤收购发票金额，以达到多抵税款的目的，即使弄虚作假，税务部门也难以核实，无法查验。
（三）农业生产者的不确定性，导致了收购发票使用的不规范性。现行政策规定收购发票的开具对象仅限于农业生产者自产的初级农产品。但在实际工作中，农产品销售者的身份极为复杂，主要包括：农户，农场等。无论是税务机关还是收购企业，都很难确定销售者是否为农业生产者。同时，企业往往通过中间人收购农产品，由中间人提供所谓的“生产者”身份证号码，伪造销货方名称违章开具收购发票，以达到逃避税务机关检查的目的。
二、农副产品收购发票税收管理所存在问题的成因
(一)农产品的经销活动特点形成易发态势。一是购销频繁，数量大。在收购旺季，交易次数成千上万。二是农产品一般体积零散，不便规则堆放，盘点不方便。三是销售人员性质（是商贩还是农业生产者个人）难以辨别和判断。正是存在以上三个特点，给税务人员执法带来很大困难，虽然各地国税机关采取种种监管办法，如实地走访，检查身份等等，但面对数量众多的厂家和人员，此种做法无疑杯水车薪，难以从根本上解决问题。
（二）现行现金使用管理规定给纳税人造成可乘之机。国务院《现金管理暂行条例》规定：“向个人收购农副产品和其他物资的价款”可以使用现金，但却没有在数量上加以限制。加上纳税人特别是非公有性质的企业，在运行机制没有真正形成，监督管理不到位的情况下，现金来源很不规范。在这样一种情况下，纳税人用虚有现金购买虚假的货物就变得十分方便和容易。
（三）管理制度不健全，管理手段落后。一是收购发票现在只是纳入普通发票的管理范围。目前，对农产品收购专用发票的管理还缺乏一套完整有效的制度和措施。例如：部分小规模农产品收购企业在申请一般纳税人资格后将以前收购的农产品开具收购发票进行抵扣，税务机关遇到此类问题时往往无据可依，真假难辨，给一些偷逃税不法分子提供了可乘之机。同时，目前的农副产品收购发票由各地自己印制，没有统一版式，各地对发票的使用规定和要求报送的附件也不尽相同，这给地区间的协作管理带来困难。二是收购发票的开具是直接针对广大农业生产者，开票频繁，使用量大。手工版的发票面额小，手工开具工作量大，这给税务机关的审核与汇总增大了工作量和难度。在确认收购对象的身份方面，只有实地核证；在确认收购产品的规格、等级、单价、金额方面，由于缺乏相关的信息，无法监督企业做到账实相符、账账相符、账表相符。在实际税收管理工作中，按照国家政策规定，农业产品在收购环节可以使用现金结算，因此收购农业产品的增值税一般纳税人，只开具过磅单凭过磅单结算现金，而后将很多农户汇总在一起开具农副产品收购专用发票，据以申报抵扣进项税，未按一户一票的规定开具农副产品收购专用发票；或者将无法取得发票的非农业生产者个人和单位销售的非初级农业产品，也作为收购自产初级农业生产品，开具农副产品收购专用发票，申报抵扣进项税，由于缺乏有效监督，为主观扩大农副产品收购发票的开具范围，孳生偷税温床。
三、加强农副产品收购发票管理的对策
（一）在收购发票的申请上，严格审定企业领用收购发票的资格，对不具备收购条件的企业，坚决不予发售。改变过去纳税人“按需申请”的做法，实施“依资格权限申请”，即严格按照纳税人的生产经营规模和纳税情况发售不同数量的收购发票，并对用票资格实行过程控制，由税收管理员定期实际调查，严格控制其领购、使用和缴销环节，及时掌握第一手资料，杜绝管理上的“真空”。
(二)对不经常发生收购业务和收购发票使用量不大的，由税务机关代管监开收购发票。如收购单位发生收购业务需要开具收购发票的，由收购单位携带被收购人的收款收据、身份证复印件、证明资料、入库验收单等资料申请开具农副产品收购发票。对经常发生收购业务、收购发票使用量大的，经资格审定后可领回收购发票自行开具，但对相关资料必须单独装订成册并完整保存备查。
（三）对农副产品的收购发票进行限量、限额供应。根据收购企业向主管税务机关报送当年的收购计划和纳税人的生产经营规模，参考其历年的销售收入及生产销售能力，合理确定其购进农副产品的产销数量，实行按月限量供应，有效控制农副产品收购发票的使用数量，从源头上防范违规抵扣行为的发生。其次，农副产品发票的开具时间与申报抵扣的时间相一致。当月开具的农副产品发票在当期计算抵扣，对开具和抵扣时间不一致的，待核查完毕后决定其是否抵扣。
（四）在现实生活中，由于农户家庭生产的农副产品如大麦、菜籽、马铃薯等，由于受路程、车辆等因素的影响，农民一般很少直接到厂家销售其农副产品，往往由一些“贩销户”收购后，再销售给厂家。这些“贩销户”的存在，不仅方便了农民，而且也搞活了市场，作用较大。因此，税务管理必须面对现实，因势利导出台管理办法。建议：对专门从事农副产品收购的“贩销户”，应加大检查力度，规范、约束其购进和销售农副产品的行为。
（五）鉴于旧版农副产品收购专用发票设计的过于简单，提供的有效信息相对不足，难以满足税务机关征收、管理、稽查的需要。改革旧有收购发票版式，设计合乎税收征、管、查需求的新式收购发票，在收购发票联次设计上，参考增值税专用发票，设置存根联、发票联、抵扣联、付款联、记账联；在收购发票项目设计上，可以考虑在原有设计项目的基础上，增设农业生产者详细住址、身份证明及字号、联系电话、领款签名、金融机构付款签章等栏目。明确收购发票的填写要求，除联系电话外，不得有空白或涂改的栏目，如不符合收购发票的填写要求，则不予抵扣。
（六）规范对收购发票的管理职责，按增值税专用发票的有关规定进行收购发票管理。税务部门要将收购发票视为增值税专用发票进行管理，从基础工作抓起，开展深入细致的宣传，提高用票单位按规定用票的意识，同时，从税务机关本身来说，还要对用票单位的管理制度化、经常化、目标化，加强监督考核，要求税务管理人员熟悉企业的生产经营，随时掌握税源变化，并对出现管理漏洞造成税收流失的，实行严格的责任追究。同时，要严把纳税申报审核关，提高报表审核质量。在企业进行纳税申报时，管理人员要严格审核企业报表之间的逻辑关系，对企业的存货收购数量和入库数量、收购单价和收购金额严格进行核对，如产生疑问，则必须由企业做出合理说明。必要时，管理人员可以到企业进行实地检查，了解企业的收购数量和实际入库数量，对其收购数量和入库数量之间产生的损耗等差异。同时，对于收购单价和收购金额，也要根据当地当期收购市场的实际情况和企业的经营规模做出适当的研判，或者抽查走访农户进行实地调查，以确定其收购单价和收购金额的真实性。必须严格审核向农业生产者的付款形式，要及时核对银行日记账、现金日记账及银行对账单，核查现金支出明细账；收购单位属工业生产企业的，必须附仓库保管人员签字的农产品入库单，并定期查核仓库保管帐，确认各项单、证在真实、合法的情况下方可作为进项抵扣凭证，杜绝纳税人虚开收购发票或无货交易开票的行为，彻底堵塞利用农副产品收购发票偷逃国家税收。
（七）加大行业评估和重点稽查，强化打击力度。农产品收购专用发票的管理一直是我们税收管理上的难点和重点。因此，切实加强对该行业的纳税评估和重点检查已显的刻不容缓。首先，要对以农产品为主要原料的加工、生产企业分行业测算出单位产品成本耗用率和单位产品税收负担率，根据测算出的参数设立警戒线，进行严格监控；其次，要将农产品收购行业全面纳入纳税评估的范围，因其行业的特殊性，税收流失已相当严重，管理较混乱、控管乏力。因此，建议按月对其有重点的开展纳税评估。并根据测算出的参数，通过人机结合的方式实行比对，及时发现其存在的问题，及时加以处理，防患于未然。再次，要切实加强对该行业的专项检查，强化稽查打击力度。凡是评估出的重点问题，都要一视同仁，坚决依法从严惩处，决不姑息手软。