国税函[2009]3号《关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》对《实施条例》第三十四条所称的“合理工资薪金”作了较详细的补充说明：“企业按照股东大会、董事会、薪酬委员会或相关管理机构制订的工资薪金制度规定实际发放给员工的工资薪金”。但必须注意的是，国税函[2009]3号《关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》未明确提到职工福利费的合理性问题。那么，对职工福利费的确认和税前扣除是否不需要考虑合理性问题呢？笔者认为否也。
首先，职工福利费的税前扣除应该遵循合理性。《企业所得税法》第八条规定：“企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。”《实施条例》第二十七条又规定：“企业所得税法第八条所称合理的支出，是指符合生产经营活动常规，应当计入当期损益或者有关资产成本的必要和正常的支出。”因此，在企业所得税税前扣除的所有支出，都应该遵循合理性的要求，包括职工福利费的支出。
其次，超范围、超标准的福利费为不合理。国税函[2009]3号《关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》从表面上看虽仅对“合理的工资薪金”作了解释，似乎没有涉及职工福利费的合理性问题，但该文已详细列举了职工福利费可以税前扣除的内容和范围，实际隐含了合理性要求，即如果企业超过该文规定的范围和相关标准发放不合理的福利费，则不允许税前扣除。需注意的是，该文规定的福利费范围与《企业会计准则》规定范围有所差异，所以，企业今后在进行涉税处理时，必须进行相应的纳税调整。
第三，福利费支出必须规范核算。笔者认为，企业应参照国税函[2009]3号《关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》对工资薪金支出有章可循、有具可依的要求建章立制，即按照企业股东大会、董事会、职工权益委员会或相关管理机构制订的职工福利费列支制度（书面）规定的内容和标准列支，而且必须是实际发生的、符合合理性原则的职工福利费支出才可以税前扣除。另外，根据国税函[2009]3号《关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》规定，企业对发生的职工福利费应该单独设置账册。没有单独设置账册准确核算的，税务机关应责令企业在规定的期限内进行改正。逾期仍未改正的，税务机关可对企业发生的职工福利费进行合理的核定。