日前，国家税务总局发布了《关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]617号），决定自2010年1月1日起，调整增值税专用发票等扣税凭证抵扣期限，由90天延长至180天。
认证期限延长至半年
由于原有的抵扣期限偏短，给企业造成了一些负担。近期国家税务总局制定了具体的措施，对税收征管工作进行了实质性的、倾向于纳税人的改进。
比如对于取得增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，国税函[2009]617号文件第一条规定，增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起180天内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。文件提醒，上述规定要从2010年1月1日起执行。对纳税人取得2009年12月31日以前开具的增值税扣税凭证，仍按原来规定执行，还是遵照《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知》（国税发[2003]17号）第一条规定来执行，对增值税一般纳税人申请抵扣的防伪税控系统开具的增值税专用发票，必须自该专用发票开具之日起90天内到税务机关认证，否则不予抵扣进项税额。举例说明，一般纳税人取得2009年12月31日开具的增值税专用发票，必须在2010年3月31日前认证入账（2010年是闰年），并在认证的当月申报抵扣才有效。如果一般纳税人取得2010年1月1日开具的增值税专用发票，就可以在2010年6月30日前认证并入账，并在认证的当月抵扣进项，在7月15日征期结束前增值税纳税申报时体现出来。
对取得海关进口增值税专用缴款书的，国税函[2009]617号文件第二条规定，实行海关进口增值税专用缴款书（以下简称海关缴款书）“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180日内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》（包括纸质资料和电子数据）申请稽核比对。未实行海关缴款书“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180天后的第一个纳税申报期结束以前，向主管税务机关申报抵扣进项税额。
需要特别关注的是，未实行海关缴款书“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，假定180天刚好落在2010年7月10日，而6月征期截止日为7月15日，那么此票的抵扣期限为7月15日，而不是7月征期截止日8月15日。如果刚好落在7月18日，那么抵扣期限为7月征期截止日即8月15日。
超期限不得抵扣进项
增值税一般纳税人未在规定期限内到税务机关办理认证、申报抵扣或者申请稽核比对的，将无法作为合法的增值税扣税凭证，不能计算进项税额抵扣。国税发[2003]17号文件第二条规定，增值税一般纳税人认证通过的防伪税控系统开具的增值税专用发票，应在认证通过的当月按照增值税有关规定核算当期进项税额并申报抵扣，否则不予抵扣进项税额，国税函[2009]617号文件再次强调了超过期限未认证抵扣的凭证不能作为进项税款抵扣的政策，要求在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额，这与认证当月抵扣是一个意思。国税函[2009]617号文件第三条规定，增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票、机动车销售统一发票以及海关缴款书，未在规定期限内到税务机关办理认证、申报抵扣或者申请稽核比对的，不得作为合法的增值税扣税凭证，不得计算进项税额抵扣。此政策看做是对原有条款的保留，而且对于超过认证期限的进项凭证，纳税人也不能返还销货方作废重开，只能作为财务上的记账凭证了，未抵扣的进项税额应该同购入的货物价款一并计入货物成本，在结转收入时同比结转销售成本并在企业所得税前进行扣除。
丢失抵扣凭证按原规定执行
国税函[2009]617号文件第四条规定，增值税一般纳税人丢失已开具的增值税专用发票，应在规定期限内，按照《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发[2006]156号）第二十八条及相关规定办理。如果一般纳税人丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
增值税一般纳税人丢失海关缴款书，应在规定期限内，凭报关地海关出具的相关已完税证明，向主管税务机关提出抵扣申请。主管税务机关受理申请后，应当进行审核，并将纳税人提供的海关缴款书电子数据纳入稽核系统进行比对。稽核比对无误后，方可允许计算进项税额抵扣。