1.年终奖高于（或等于）费用扣除额的计算
按照年终奖缴税规定，个人取得全年一次性奖金且获取奖金当月个人的工资、薪金所得高于（或等于）税法规定的费用扣除额2000元时，计算公式为：
应纳税额=个人当月取得全年一次性奖金×适用税率-速算扣除数，
个人当月工资、薪金所得与全年一次性奖金应分别计算缴纳个人所得税。
例1：李某2008年年终奖为12000元，当月工资、薪金收入为2400元，则应纳税额为1195元。
（1）12000÷12=1000（元），适用税率为10%，速算扣除数为25
（2）年终奖应纳税额为12000×10%-25= 1175（元）
（3）当月工资、薪金所得应纳税额为（2400-2000）×5%=20（元）
（4）当月合计应纳税额为1175+20=1195（元）
2.取得年终奖当月个人工资、薪金所得低于费用扣除额的计算
如果在发放年终一次性奖金的当月，个人工资、薪金所得低于税法规定的费用扣除额，应将年终奖减除“个人当月工资、薪金所得与费用扣除额的差额”后的余额，再确定年终奖的适用税率和速算扣除数。这时的计算公式为：
应纳税额=（个人当月取得年终奖-个人当月工资、薪金所得与费用扣除额的差额）×适用税率-速算扣除数。
例2：刘某当月工资、薪金所得低于2000元（只有1400元），2008年1月13日，该单位再向刘某发放年终奖3000元，因此，应将年终一次性奖金减除当月工资与费用扣除额2000元之间的差额后，计算缴纳个人所得税。据此，刘某在获得这笔年终奖时，应缴纳个人所得税120元。计算过程为：
应纳税所得额为3000-（2000-1400）=2400（元）
2400÷12=200元，适用税率为5%，速算扣除数为0；
应纳税额为2400×5%=120（元）
3.是年终奖除以12低于2000也要纳税
特别需要强调的是，全年一次性奖金除以12后的余额，低于法定费用扣除额2000元也应该纳税。
因为纳税人的费用扣除额在工资中已扣除，用全年奖金除以12，主要是为确定适用税率和速算扣除数，不能作为判断是否纳税的依据。
例3：高某全年一次性奖金为18000元，用全年奖金除以12后为1500元，虽然这低于法定费用扣除额2000元，但也应按相应税率缴纳税款1775元。
18000÷12=1500元，适用税率为10%，速算扣除数为25
应纳税额为18000×10%-25=1775（元）
4.单位发不含税年终奖个人所得税的计算
根据《国家税务总局关于纳税人取得不含税全年一次性奖金收入计征个人所得税问题的批复》（国税函〔2005〕715号）规定，对于年终奖个人所得税由单位负担的，如果个人当月工资薪金所得高于（或等于）规定费用扣除额的，其个人所得税的计算公式如下：
（一）按照不含税的全年一次性奖金收入除以12的商数，查找相应适用税率A和速算扣除数A；
（二）含税的全年一次性奖金收入=（不含税的全年一次性奖金收入一速算扣除数A）÷（1一适用税率A）；
（三）按含税的全年一次性奖金收入除以12的商数，重新查找适用税率B和速算扣除数B；
（四）应纳税额=含税的全年一次性奖金收入×适用税率B一速算扣除数B.
例五、假设某单位为每个员工发放不含税全年一次性奖金10825元，单位为每个人支付的个人所得税为1175元。计算过程为：
第一步，按照不含税的全年一次性奖金收入除以12的商数，查找相应适用税率A和速算扣除数A；
10825÷12=902.08元，对应适用税率A为10%，速算扣除数A为25；
第二步，按第一步确定的税率和速算扣除数，将不含税年终奖换算成含税的年终奖，即含税的年终奖收入=（不含税的年终奖收入-速算扣除数A）÷（1-适用税率A）；
12000=（10825-25）÷（1-10%）
第三步，按含税的年终奖收入除以12的商数，重新查找适用税率B和速算扣除数B；
12000÷12=1000元，对应适用税率B为10%，速算扣除数B为25；
第四步，按确定的税率和速算扣除数，计算应纳税额，应纳税额=含税的年终奖收入×适用税率B-速算扣除数B.
应纳税额=12000×10%-25=1175元
如果纳税人取得的当月工资薪金所得低于税法规定的费用扣除额2000元，应先将不含税年终奖减去当月工资薪金所得低于税法规定费用扣除额的差额部分后，再按照上述方式处理。
特别提示：根据（国税函〔2005〕715号）规定，企业为个人支付的个人所得税款，不得在企业所得税前扣除。