随着2009年税务总局对60个纳税大户分二批布置自查并进行抽查工作的开展，“保护税务价值、应对税务危机”已被众多公司提升到董事会的决策日程上，这样的做法是值得肯定的。但由于其下属公司分散在全国各地，在应对税务争议的过程中，各企业所采取的应对措施，还有很多需要改进的方面。
当企业按照税务局布置的自查提纲进行自查时，这其中就有，若经过相关资料的补充和说明，可以不作为纳税调整和补税的项目来对待。但由于税务机关保持一个比较强势的态度，以及公司税务岗位人员所接受的培训和教育，更多的是告知如何遵守税收政策和法律，所以造成企业在与税务机关讨论相关涉税业务时，企业更多是从合理性和习惯性去争辩，而没有从政策出台的背景，以及政策运用的范围和尺度与税务机关讨论，最终谈判的结果是被动的接受税务机关所做出的决定。还有更多的企业是采取找熟人、托关系的方法来解决税务争议，结果，钱没少花，人情欠了一大堆，在自认为赚了很大便宜的情况下，还是多交了很多的税款。
其实，我国的税法还没有像其它法律一样达到相对完整的地步，这就意味着在出现税务争议或税务危机时，税企双方可以谈判的空间还是有的。而由于国家对公务员监管力度的加大，让自认为与税务机关保持良好关系的那些税务局长或科长冒更大的风险为企业说话，是件不太可能的事。通过把领导搞定从而达到逃税和节税的目的，在当今中国是一件越来越困难的事了。而随着税总投资近百亿金税三期工程的建立，想通过打通税务上的一个环节来解决一件事的这种做法已越来越不可能了。
理解税法一定要从一项税收政策的立法、执法、司法三个角度来同时考虑才算完整，而税务机关只是作为其中执法这个环节，在运用和执行税收政策方面也是有一定的局限性。法律面前人人平等，税法也是如此。所以在“读懂税法”的前提下，找合适的人、办合适的事才是关键。
税务争议，纳税人要在保护税务价值的基础上，“有条件的选择投降”。