《中华人民共和国税收征管理法》第三十二条规定了税收滞纳金加收的一般原则，即：纳税人、扣缴义务人未按照规定期限缴纳或者解缴税款的，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。但是，基于其他法律、行政法规等规定和特殊情形的考虑，税法中又出台了一些例外性规定，理解和掌握好这些特殊条文可以帮助纳税人减少不必要的经济支出。
一、《中华人民共和国税收征管理法》第五十二条规定：因税务机关的责任，致使纳税人、扣缴义务人未缴或者少缴税款的，税务机关在3年内可以要求纳税人、扣缴义务人补缴税款，但是不得加收滞纳金。《中华人民共和国税收征管理法实施细则》第八十条将税务机关的责任进一步明确为税务机关适用税收法律、行政法规不当或者执法行为违法。这是以法律、行政法规的形式明确的不加收滞纳金的法定情形，对征纳双方具有很强的约束力。
二、《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第四十二条明确了延期缴纳税款不加收滞纳金的原则：经省级税务机关批准延期纳税的，在批准的期限内不加收滞纳金；如果最终未获批准的，仍将从税款滞纳之日起按日加收滞纳金。因此，纳税人在申请延期纳税税款时应严格对照延期纳税的法定条件认真进行考量。
三、《中华人民共和国企业所得税法》第四十八条和《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第一百二十一条规定：税务机关作出特别纳税调整，需要补征税款的，应当补征税款，并按照国务院规定加收利息，利息不得在计算应纳税所得额时扣除。《国家税务总局关于印发〈特别纳税调整实施办法（试行）〉的通知》（国税发[2009]2号）第一百零九条进一步明确：特别纳税调整应补征的税款及利息应在税务机关调整通知书规定的期限内缴纳入库。逾期不申请延期又不缴纳税款的，税务机关应按照征管法第三十二条及其他有关规定处理。上述法条和规定释放的信息是：特别纳税调整补税在税务机关调整通知书规定的期限内缴纳入库的，只加收利息不加收滞纳金；但如果未在调整通知书规定的期限内入库的，将转执行加收滞纳金的规定，这样纳税人会承担更大的经济负担。
四、《中华人民共和国企业破产法》第四十六条规定：附利息的债权自破产申请受理时起停止计息。因此，欠缴的税款将因破产申请受理这一事件而停止继续加收滞纳金。当然，能够适用这一规定的纳税人范围较窄，只针对于进入破产程序的纳税人。
五、《国家税务总局关于2008年度企业所得税纳税申报有关问题的通知》（国税函[2009]286号）规定：对于2009年5月31日后确定的个别政策，如涉及纳税调整需要补退企业所得税款的，纳税人可以在2009年12月31日前自行到税务机关补正申报，不加收滞纳金和追究法律责任。这一临时性规定的出台主要是基于个别税收政策在新旧转换时衔接不明，按照法不溯及既往的原则，只适用于2008年度企业所得税汇算清缴。纳税人如果不注意适用的时间界限，也将可能面临税收风险。
六、《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开增值税专用发票已抵扣税款加收滞纳金问题的批复》（国税函[2007]1240号）规定：纳税人善意取得虚开的增值税专用发票被依法追缴已抵扣税款的，不属于税收征收管理法第三十二条‘纳税人未按照规定期限缴纳税款’的情形，不适用该条‘税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金’的规定。这表明，税法对善意取得虚开增值税专用发票的纳税人在滞纳金问题上作了照顾性处理。
七、《国家税务总局关于延期申报预缴税收滞纳金问题的批复》（国税函[2007]753号）规定：预缴税款之后，按照规定期限办理税款结算的，不适用《税收征管法》第三十二条关于纳税人未按期缴纳税款而被加收滞纳金的规定。当预缴税额大于应纳税额时，税务机关结算退税但不向纳税人计退利息；当预缴税额小于应纳税额时，税务机关在纳税人结算补税时不加收滞纳金。需要注意的是：按照国税函发[1995]593号文件规定，对纳税人未按规定的缴库期限预缴所得税的，应视同滞纳行为处理，除责令其限期缴纳税款外，同时按规定加收滞纳金。
八、《国家税务总局关于行政机关应扣未扣个人所得税问题的批复》（国税函[2004]1199号）规定：按照《税收征管法》规定的原则，扣缴义务人应扣未扣税款，无论适用修订前还是修订后的《税收征管法》，均不得向纳税人或扣缴义务人加收滞纳金。但是，如果纳税人和扣缴义务人在事前相互串通，故意不扣缴个人所得税的，仍然可能面临其他的法律风险。
九、《关于豁免东北老工业基地企业历史欠税有关问题的通知》（财税[2006]167号）、《关于豁免内蒙古东部地区企业历史欠税有关问题的通知》（财税[2008]109号）规定：凡符合通知规定的各类企业，其1997年12月31日前欠缴的各种工商税收（含教育费附加，不含农业税、牧业税、农业[林]特产税、耕地占用税、契税和关税）及滞纳金均纳入豁免范围。应注意的是，豁免的滞纳金应严格控制在通知限定的范围之内。