生产企业免、抵、退税的会计核算，根据业务流程主要可分：免税出口销售收入的核算、不予免征和抵扣税额的核算、应交税费的核算、进料加工不予免征和抵扣税额抵减额的核算、出口货物免抵税额和退税额的核算，以及免、抵、退税调整的核算。现行会计制度规定，对出口货物免、抵、退税的核算主要涉及到“应交税费——应交增值税”、“应交税费——未交增值税”和“其他应收款”等会计科目。关于“应交税费——应交增值税”科目核算内容，出口企业(指增值税一般纳税人下同)应在“应交税费”科目下设置“应交增值税”明细科目，在“应交增值税”明细账中设置“进项税额”、“已交税金”、“减免税款”、“出口抵减内销产品应纳税额”、“销项税额”、“出口退税”、“进项税额转出”等专栏。期末借方余额反映企业多交或尚未抵扣的增值税；期末贷方余额，反映企业尚未缴纳的增值税。下面分别说明各栏的使用方法。
1．“进项税额”专栏，记载出口企业购进或接受应税劳务而支付的准予从销项税额中抵扣的增值税。出口企业购进货物或接受应税劳务支付的进项税额，用蓝字登记；退回所购货物而冲销的进项税额，用红字登记。
2．“已交税金”专栏，核算出口企业当月预缴的增值税税额。企业预缴增值税时借记本科目，贷记“银行存款”。
3．“减免税款”专栏，反映出口企业按规定直接减免的增值税税额。企业按规定直接减免的增值税税额借记本科目，贷记“补贴收入”等科目。
4．“出口抵减内销产品应纳税额”专栏，反映出口企业销售出口货物后，向税务机关办理免、抵、退税申报，税务机关审核确认的应免税额，借记本科目，贷记“应交税费——直交增值税(出口退税)”。应免抵税额的会计处理：根据当期《生产企业出口货物免、抵、退税汇总申报表》中的免抵税额借记本科目，贷记“应交税费——应交增值税(出口退税)”。
5．“转出未交增值税”专栏，核算出口企业月终转出应交未交的增值税。月末企业“应交税费——应交增值税”明细账出现贷方余额时，根据余额借记本科目，贷记“应交税费——未交增值税”。
以上五个栏目在“应交增值税”明细账的借方核算。
6．“销项税额”专栏，记载出口企业销售或提供应税劳务收取的增值税税额。出口企业销售货物或提供应税劳务应收取的增值税税额，用蓝字登记；退回销售货物应冲销的销项税额，用红字登记。
7．“出口退税”专栏，记载向税务机关申报办理出口退税而应收取的出口退税款以及应免抵税款。出口货物应退回的增值税税额，用蓝字登记；出口货物办理退税后发生退货或者退关而补交已退的税款，用红字登记。出口企业当期按规定确定应退税额、应免抵税额后，借记“其他应收款——应收出口退税(增值税)”、“应交税费——应交增值税(出口抵减内销产品应纳税)”，贷记本科目。
8．“进项税额转出”专栏，记载出口企业原材料、在产品、产成品等发生的非正常损失，以及《增值税暂行条例》规定的免税货物和出口货物免税等不应从销项税额中抵扣按规定转出的进项税额。按税法规定，对出口货物不予免征和抵扣税额的部分，应在借记“主营业务成本”的同时贷记本科目。企业在核算原材料、在产品、产成品非正常损失时，借记“待处理财产损溢”，贷记“原材料”等科目。
9．“转出多交增值税”专栏，核算企业月末转出多交的增值税。另外，“应交税费——未交增值税”使用时应注意，如当期应纳税额大于零，月末做如下会计处理，借记“应交税费——直交增值税(转出未交增值税)”，贷记“应交税费——未交增值税”；如当期应纳税额小于零，则月末做如下会计处理，借记“应交税费——未交增值税”，贷记“应交税费——未交增值税(转出多交增值税)”。