按照国税函[2009]694号的规定，企业年金的企业缴费计入个人账户的部分是个人因任职或受雇而取得的所得，属于个人所得税应税收入，在计入个人账户时，应视为个人一个月的工资、薪金（不与正常工资、薪金合并），不扣除任何费用，按照“工资、薪金所得”项目计算当期应纳个人所得税款，并由企业在缴费时代扣代缴。
这一规定实际是降低了纳税人的税负。因为年金企业缴费部分如何处理，国家此前并没有明确的规定，如果按照商业保险的规定处理，就必须纳入工资薪金纳税，适用税率肯定要比单独算拿出来按一个月工资纳税要高。但在实际操作中，纳税人也要注意以下几个问题的把握：
1、年金的计算应分为两部分，即个人所缴纳部分应并入到其当月收入中，企业缴纳部分则应单独适用税率，通常情况下与个人当月的工资薪金部分适用税率不同，且不再减除任何费用，即虽然将企业所缴纳年金部分单独作为一个月薪金，但因为在计算当月工资薪金收入个人所得税时已考虑到其生计扣除费用，在计算企业所缴年金时不再考虑费用扣除问题，且单独适用税率，这样往往企业所缴年金部分可以找到一个比工资更低的税率，年金的计算方法特殊之处也在于此。
2、企业按季度、半年或年度缴纳企业缴费的，在计税时不能分摊到所属月份，而应将其作为缴费所属月份的单独一个月工资、薪金，不扣除任何费用，按照适用税率计算扣缴个人所得税，这一点，与我们目前所执行的个人所得税法基本原则是相同的，即个人取得的工资薪金收入应于个人实际取得时计算缴纳个人所得税，对于个人一次性取得原本可能属于不同月份的工资薪金除法规有明确规定外，原则上都不允许进行分摊。
3、根据国税函[2009]694号第五条规定，对于该通知下发前企业已按规定对企业缴费部分依法扣缴个人所得税的，税务机关不再退税；企业未扣缴企业缴费部分个人所得税的，税务机关应限期责令企业按以下方法计算扣缴税款：以每年度未扣缴企业缴费部分为应纳税所得额，以当年每个职工月平均工资额的适用税率为所属期企业缴费的适用税率，汇总计算各年度应扣缴税款。
举例说明：张某所在的企业在2008年为其建立了年金，但对于企业为张某所缴纳的年金均未扣缴其个人所得税，2009年12月15日，根据国税函[2009]694号文件规定，企业自查为其补税，则需要按如下方法进行：
张某2008年1月至12月个人所得税应纳税所得额合计72000元，企业为其缴纳年金合计为2880元，缴纳时未扣缴其个人所得税，则先计算张某2008年月平均工资额：72000/12=6000，6000-2000=4000元，应适用个人所得税税率：15%，企业为张某缴纳的2880元应补缴年金个税：（2880×15%-125）=307元。
可以看出，对于补缴以前年度的企业缴费年金部分不能适用新发布的年金计算方法，也可以理解为，对于企业补缴部分仍为并入其当年工资薪金所得寻找其适用税率，只是在计算方法上企业无需将其细化到每一个月，而是可以将全年工资额平均后找到其适用税率进行补缴。
4、该计算方法应按文发之日即2009年12月10日起执行，对于以前已将企业缴纳年金部分进行扣缴个人所得税的，其计算方法与本通知方法有差异虽体现为多缴但不退税，企业应自2009年12月10日后再为员工个人缴纳年金部分可按本通知办法进行计算。