【问题】我公司为房地产开发公司，于2002年7月底注册成立，8月初到地税办理税务登记证，尔后到国税办理税务登记证时，窗口人员说只要到地税办理就行了，所以国税税务登记证就一直未办。所有税种如营业税等一直在地税交纳。地税部门根据当地的实际情况，给房地产开发公司的企业所得税统一按营业收入的一定比率征收所得税。公司按照地税的相关规定缴纳了所得税。
2004年11月，国税突然通知我公司，说公司未办理国税税务登记证，限定立即办理，依据是依照有关规定，2002年后新成立的公司所得税应该到国税纳税申报，公司按照通知办理了国税税务登记证。
现在的问题是：公司原来是按照地税的相关规定来交所得税的，现国税却要求按照所得税相关的法律法规及有关文件规定来纳税申报，未按照原来地税的按营业收入的比率来纳税申报。这给公司造成了极大的被动，让公司无所适从，原来的账务很大程度上是按照地税的征收方式来处理的，并没有完全遵从税法扣除的有关规定，包括合法的费用扣除等，现在要重新调已根本不可能。公司问国税当时公司要求办理其工作人员却说不要办理，他们现在否认，公司也没有书面的材料可以证明他们当时不要求办理税务登记证，这样公司要是按照税前扣除办法来交所得税，岂不是太不合情理了。请问在这种情况下，公司如何既不违反税法的规定，又能维护自身的正当权益。
【解答】您可以就此行为申请行政复议。
对北京市各级地方税务机关作出的具体行政行为不服的，按照下列规定申请复议：
①对税务所、稽查所作出的具体行政行为不服的，向该所所属的区（县）地方税务局申请行政复议。
②对区（县）地方税务局作出的具体行政行为不服的，向北京市地方税务局申请行政复议。
③对北京市地方税务局第一稽查分局、第二稽查分局、开发区分局、涉外分局、西客站分局作出的具体行政行为不服的，向北京市地方税务局申请行政复议。
④对北京市地方税务局作出的具体行政行为不服的，向国家税务总局或北京市人民政府申请行政复议。