1、允许抵扣固定资产进项税额。修订前的增值税条例规定，购进固定资产的进项税额不得从销项税额中抵扣，即实行生产型增值税，这样企业购进机器设备税负比较重。为减轻企业负担，修订后的增值税条例删除了有关不得抵扣购进固定资产的进项税额的规定，允许纳税人抵扣购进固定资产的进项税额，实现增值税由生产型向消费型的转换。
2、房屋、建筑物等不动产仍不纳入增值税的抵扣范围。现行增值税征税范围中的固定资产主要是机器、机械、运输工具以及其他与生产、经营有关的设备、工具、器具，因此，转型改革后允许抵扣的固定资产仍然是上述范围。房屋、建筑物等不动产不能纳入增值税的抵扣范围。
3、明确可以抵扣固定资产的范围。一是明确除专门用于非应税项目、免税项目等的机器设备进项税额不得抵扣外，包括混用的机器设备在内的其他机器设备进项税额均可抵扣；二是明确不动产在建工程不允许抵扣进项税额，并对其概念进行了界定；三是与企业技术更新无关且容易混为个人消费的自用消费品所含的进项税额，不得予以抵扣，具体明确为应征消费税的游艇、汽车和摩托车。
4、相应取消进口设备免税政策和外商投资企业购买国产设备增值税退税政策。
5、降低小规模纳税人的征收率。修订前的增值税条例规定，小规模纳税人的征收率为6%。根据条例的规定，经国务院批准，从1998年起已经将小规模纳税人划分为工业和商业两类，征收率分别为6%和4%。考虑到增值税转型改革后，一般纳税人的增值税负担水平总体降低，为了平衡小规模纳税人与一般纳税人之间的税负水平，促进中小企业的发展和扩大就业，应当降低小规模纳税人的征收率。同时考虑到现实经济活动中，小规模纳税人混业经营十分普遍，实际征管中难以明确划分工业和商业小规模纳税人，因此修订后的增值税条例对小规模纳税人不再设置工业和商业两档征收率，将征收率统一降至3%。
6、将一些现行增值税政策体现到修订后的条例中。主要是补充了有关农产品和运输费用扣除率、对增值税一般纳税人进行资格认定等规定，取消了已不再执行的对来料加工、来料装配和补偿贸易所需进口设备的免税规定。如：
细则第十七条：条例第八条第二款第（三）项所称买价，包括纳税人购进农产品在农产品收购发票或者销售发票上注明的价款和按规定缴纳的烟叶税。
细则第十八条： 条例第八条第二款第（四）项所称运输费用金额，是指运输费用结算单据上注明的运输费用（包括铁路临管线及铁路专线运输费用）、建设基金，不包括装卸费、保险费等其他杂费。
7、将金属矿和非金属矿采选产品的增值税率从13％恢复到17％。主要原因：一是对不可再生的矿产资源适用低税率，不符合资源节约、环境保护的要求；二是减少了资源开采地的税收收入，削弱资源开采地提供公共产品的能力；三是矿产资源基本都作为原料使用，矿山企业少交的增值税因下个环节减少进项税额而补征回来，政策效果并不明显；四是导致征纳双方要对这类适用低税率的货物与其他货物划分，增大征收和纳税成本。
8、增值税小规模纳税人标准和相关规定的调整主要包括两方面：一是将现行工业和商业小规模纳税人销售额标准分别从100万元和180万元降为50万元和80万元；二是将现行年应税销售额超过小规模纳税人标准的个人、非企业性单位、不经常发生应税行为的企业统一按小规模纳税人纳税的规定，调整为年应税销售额超过小规模纳税人标准的其他个人（自然人）继续按小规模纳税人纳税，而非企业性单位和不经常发生应税行为的企业可以自行选择是否按小规模纳税人纳税。
9、继续维持对混合销售行为处理的一般原则，即按照纳税人的主营业务统一征收增值税或者营业税。但鉴于销售自产货物并同时提供建筑业劳务的混合销售行为较为特殊，对其采用分别核算、分别征收增值税和营业税的办法。
10、根据税收征管实践，为了方便纳税人纳税申报，提高纳税服务水平，缓解征收大厅的申报压力，将纳税申报期限从10日延长至15日。明确了对境外纳税人如何确定扣缴义务人、扣缴义务发生时间、扣缴地点和扣缴期限的规定。