1、启动条件不同。
仲裁的前提是当事人双方达成仲裁协议，表明自愿将争议提交仲裁机关，没有相关条款，仲裁机构不予受理。而民事诉讼不需要双方协商，只要一方的起诉符合法定条件法院就会受理。如选择了仲裁，就不能到法院进行诉讼，即你自己已放弃了诉讼的权利，所以认为仲裁和诉讼可并存是错误的。
由此可见，解决合同纠纷选择方式，相当于选择饭馆子——火锅店还是肯德基，二选一，你不能去肯德基吃火锅吧。选择了一种，下一种你就只能等下次饿的时候再说了。
2、机构不同。
仲裁委是由人民政府组织有关部门（法制局）和商会统一组建，其监督机构是中国仲裁协会，其仲裁员大多是律师和政府机构人员兼职从事；法院的机构是国家法律的审判机构。
简单地说，仲裁就是双方当事人在订立合同就约定以后出现纠纷时叫某仲裁机构做“娘舅”，一旦裁定对双方都有法律效力，相对于法院这种刀兵相见的地方，仲裁机构还是较为柔和的。
3、诉讼实行地域管辖和级别管辖，仲裁则实行协议管辖。
当事人之间约定仲裁条款或签订仲裁协议时，可以在全国范围内选择确定裁决水平高、信誉好的仲裁机构，当事人有权选择仲裁员。人民法院分为四级，当事人之间发生民事争议，由哪一级法院管辖，由哪个地区的法院管辖，法律有明确规定。无管辖权的法院不得随意受理民事争议的案件，当事人也不得随意选择，审判人一律员由人民法院决定。
简单的理解，挑仲裁机构就像挑婚礼司仪一样，会说会调解的自然好办事，价格也会贵一些；法院维护法律尊严，是强制性的，自然没得挑。
4、程序不同。
仲裁实行一审终局制。当事人不得就同一事实再次申请仲裁，也不能向人民法院再行起诉、上诉。而民事诉讼可经过一审、二审和再审三个阶段。并且仲裁一般不公开审理，这有利于保守当事人的商业秘密。而民事诉讼无特殊情况必须公开审理。