出口货物退(免)税检查是一项政策性和技术性很强的业务工作。涉及出口企业大量的财务会计资料，要使检查工作减少盲目性，克服混乱性，提高工作效率，就必须讲究科学的检查方法和技巧，只有熟练和正确运用科学的检查方法才能保证 出口退税 检查的质量。
出口货物退(免)税检查和征税检查一样，其检查的方法有很多，按检查的顺序划分有顺查法和逆查法;按对出口企业一定时期内有关经济内容检查面大小和深浅程度划分有全面检查和重点检查;按检查的组织形式划分有自查法、复查法和重点抽查法。根据 出口退税 检查自身的特点，在检查工作中常见的实用的检查方法主要有以下3种：
(一)日常稽查法
日常稽查法是出口退税中最常用、最基本的方法，是主管出口退税机关日常工作的一个重要组成部分。它主要是对日常 单证 对审或计算机审核出来的错误、疑点信息，特别是机审为“E”和“W”的疑点信息，通过与企业会计报表、账册和申报出口退税的其他有关资料核对，以检查出口退税申报是否正确。这一日常检查工作执行得好坏，直接关系到退税工作的质量。有许多骗取出口退税的线索也能从这一检查中发现。
(二)专项检查法
专项检查法又称重点检查法。是对出口企业某一时期内有关资料或对某一方面的经济业务进行的检查。通过事先分析资料发现疑点和线索，以及平时了解掌握的情况，有的放矢地进行检查的方法。通常用于对骗税案件检查，对某一类出口商品或某笔出口业务，以及某种贸易方式出口退税业务进行专题检查。重点检查法是出口退税检查工作中最常用的方法。其特点是突出重点，针对情况，收效较明显，而且节省人力和时间，可以达到事半功倍的效果。
(三)全面检查法
全面检查法是对出口企业的各项退税会计凭证、账、表、票据 单证 等项目进行全面系统的检查，是对一定时期内某一出口企业涉及出口退税的各种资料进行的一种全方位的检查，能达到查清、查透的效果，但工作量大，较费人力和时间。一般在年度清算时选择一些重点企业进行。在检查时，一般可着手从“库存商品”、“自营出口销售收入”、“应收外汇账款”、“应交税费——应交增值税”等账和有关凭证报表进行检查。