第一，实施会计集中核算制度后的优势。
一是规范了会计基础工作，提高了会计信息的质量。实行会计集中核算后，单位只设报账员负责办理日常现金收支事务，会计业务纳入核算中心统一核算，严格按照国家统一会计制度规范账务处理，大大提高了会计核算工作的质量，提高了会计核算资料的真实性、完整性和统一性。
二是加强了会计监督功能，从源头上制止腐败行为。成立会计核算中心后，核算中心严格从制度上和运作程序上规范了各单位财务行为，从源头上杜绝了单位违规开户、私设小金库、坐支、截留、挪用财政资金等问题产生，初步形成了具有前瞻性和预防性的监督机制。
三是有利于财政资金的合理调度，提高资金使用效益。实行会计集中核算制度后，取消各单位的银行账户，支出单位的财政资金集中在会计核算中心的单一账户，原来各单位积累的大量资金可以变成财政的调度资金，有利于财政部门对资金加强统一调度和管理，使资金调度更加灵活。
第二，实行会计集中核算后存在的问题。
一是会计责任主体不明。核算中心和被核算单位相互推诿。一方面核算中心与被核算单位在经济活动上相脱离，另一方面被核算单位认为本单位没有账户及会计人员，不再承担核算职责也不愿承担会计责任。
二是会计的职能没有得到充分发挥。由于会计核算中心只强调会计核算和监督，大大弱化了会计的预测、分析、决策等职能。
三是核算单位的财务管理工作和内部监督弱化。各被核算单位所有资金收支往来的核算，都由会计核算中心完成，加上很多预算单位将会计核算和财务管理等同起来，导致单位的财务管理工作弱化。另外，由于被核算单位内部的会计与出纳牵制机制消失，报账员实际上履行了会计出纳双重职责。
四是被核算单位的资金动态难以全面掌握，未纳入核算的二、三级单位缺乏监管。大多数单位也没有建立各类资金台账，对预算外资金和罚没款的收、缴、存情况无账可查。
五是报账手续繁琐效率低，支付存在真实性与合理性风险。一方面由于会计集中核算中心对资金支出的审批权、控制权、监督权高度集中，导致工作效率低下，影响了资金使用效率。另一方面，核算中心难以控制各项支出的真实性和合理性，从而产生支付风险。
六是核算单位对资产管理工作弱化。单位会计核算工作移至会计核算中心，而财产物资仍由原单位进行管理，这种资产管理与会计核算相分离的情况，导致被核算单位资产管理薄弱的问题更加突出。
七是增加了被核算单位的审计监督新难题。由于审计部门与被审计单位之间增加了“中间人”——核算中心，核算中心与被审计单位之间可能就一些会计责任问题出现真空，使得资料提供、具体问询、责任认定难度加大。
八是会计集中核算配套信息化网络和公共财政体系改革尚未完善。会计集中核算体系的形成必须以会计集中核算人员、会计集中核算信息平台、会计集中核算配套管理办法为基础。此外，目前我国尚未出台全国性的具体可操作的会计委派及会计集中核算管理办法。缺乏与会计集中核算制度相配套的具体措施。同时，与会计集中核算相配套的系列公共财政体系改革尚未完善。
第三，改进和完善会计集中核算问题的对策。
—是健全完善会计法规体系，明确会计责任主体。立法部门应尽快根据实际出台有关的法规文件，使会计集中核算有法可依，保障会计集中核算制度规范运行。同时，要明确被核算单位是被监督的主体和应该承担违法违规行为的法律责任，以及核算中心附有的监督的连带责任。
二是规范核算中心的基础工作，建立完善制度，提高核算水平。要规范核算中心会计工作运作程序，从原始凭证的收集，记账凭证的填制，账簿的登记，报表的编报，到会计档案的整理归档，进行逐一要求，在科目设置和使用上，严格按预算规定的科目设置。
三是强化核算中心的监督管理职能，从核算型向管理型转化。核算中心的职能要改变重核算，轻监督，轻管理，应向预算执行约束、支付的直接监督、承担国库委托的单一账户、对国库直接支付和授权支付的核算管理等综合职能方向上转变。
四是各被核算单位要切实重视财务管理工作，加强财会队伍建设。应坚持报账会计持证上岗，并强化会计人员继续教育；报账会计要据实登记会计台账，定期与会计中心核对，确保财务管理和会计核算资料的真实性、完整性和统一性；要制定报账会计的道德规范，建立遵守职业道德的监督考核机制，并充分发挥会计监督的纽带和桥梁作用。
五是完善内外监控制度，确保财政资金、财产物资的安全。要建立大额费用审批制度、超指标审批制度、超用款计划审批制度以及预算单位的财产物资管理制度等内控制度，明确责任。同时，会计核算中心应保证财政资金、单位财产物资的安全，加强被核算单位的固定资产管理。
六是有机融合部门预算改革、政府采购制度与国库集中支付制度改革。财政部门要进一步推行预算管理改革，实现会计集中核算与国库集中收付及政府集中采购改革的有机融合。
七是建立多单位信息化联网系统，通过网络报账和远程查询系统提高效率。要与财政局、核算中心、单位以及政府采购、国库支付等单位建立信息化联网系统，把预算控制、财务报账、财务报表、统计分析、异地查询监督管理等工作全部在网上实现。
八是建立健全财政内部监督和外部审计监督等监督制约机制。财政部门要建立健全内部控制制度，充分发挥会计集中核算的监督与服务职能；成立稽查部门加强财政监督，加大对违法乱纪行为的处罚力度，并引入财政资金效绩审计机制；通过群众监督、社会监督，形成监督合力，从源头上预防和治理腐败。