《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发〔2008〕28号）第二条规定，居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同）设立不具有法人资格的营业机构、场所（以下称分支机构）的，该居民企业为汇总纳税企业（以下称企业），除另有规定外，适用本办法。
因而，对于实行汇总缴纳方式的企业是指在同一法人主体下，在境内跨地区设立了不具有法人资格的机构或者场所的情况下，需要按照国税发〔2008〕28号文件相关规定进行汇总缴纳。
第三条规定，企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法。
第四条规定，统一计算，是指企业总机构统一计算包括企业所属各个不具有法人资格的营业机构、场所在内的全部应纳税所得额、应纳税额。
第六条规定，就地预缴，是指总机构、分支机构应按本办法的规定，分月或分季分别向所在地主管税务机关申报预缴企业所得税。
第七条规定，汇总清算，是指在年度终了后，总机构负责进行企业所得税的年度汇算清缴，统一计算企业的年度应纳所得税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补税款。
因而，对于总分机构的汇总缴纳是按同一法人主体进行统一计算企业所得税，只是在季度时分支机构需要按照国税发〔2008〕28号文件中相关规定在所在地进行预缴企业所得税，但这部分预缴的企业所得税可以在年终与总机构统一汇算时抵减总机构应缴企业所得税。
根据以上规定，简单理解就是汇总缴纳适用于总、分企业之间纳税；合并缴纳适用于母子公司之间纳税。只要是总、分支企业关系，可直接按《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》规定，实行"统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库"的企业所得税征收管理办法计算缴纳税款。而母子公司之间实现合并纳税，必须经国务院批准，执行“统一计算、分级管理、就地预交、集中清算”的汇总纳税办法计算缴纳税款。
目前总机构在年终汇算清缴企业所得税时，其利润总额并不是单个分支机构利润总额简单相加，而是总、分企业会计报告的并表。也可以理解扣减掉内部抵消利润后确定。就是将整个企业视为一个企业核算。