《税收征管法》第六十条第二款规定：纳税人不办理税务登记的，由税务机关责令限期改正；逾期不改正的，经税务机关提请，由工商行政管理机关吊销其营业执照。根据该条款的规定，作出吊销营业执照的行政主体是工商行政管理机关，税务机关的提请行为只是一种事实通知，也就是说，当事人是否实际被吊销营业执照，完全取决于工商行政管理机关的决定。这样，该条款在适用中就存在许多问题。
一是执法程序难以到位。根据《行政处罚法》的规定，吊销营业执照是一种较严厉的行政处罚，在作出吊销营业执照决定之前应调查收集证据，告知当事人作出吊销营业执照决定的事实、理由，并依据当事人依法享有的权利，听取当事人的陈述、申辩，当事人要求听证的，应当组织听证。然而，作为与税务机关同级的工商行政管理机关，不仅没有权力调查纳税人是否没有办理税务登记且未按限期改正的事实，更无从在听证程序中审查税务机关的提请行为是否合法。
二是执法责任承担显失公平。根据《税收征管法》第六十条第二款的规定，对不办理税务登记且在限期内仍不改正的纳税人，税务机关并不直接作出处理决定，而是通知工商行政管理机关吊销其营业执照。如果纳税人对吊销营业执照的决定不服，申请行政复议，只能以工商行政管理机关为被申请人；如果提起行政诉讼，只能以工商行政管理机关为被告。在这种情况下，工商行政管理机关很难证明自己行为的合法性，往往会败诉。
三是实施效果有失偏颇。根据《税收征管法》第六十条第二款的规定，对不办理税务登记且在限期内仍不改正的纳税人，税务机关直接提请工商行政管理机关吊销其营业执照，而不通知纳税人或其法定代表人。这不仅剥夺了纳税人的知情权，而且达不到该条款旨在督促纳税人及时办理税务登记、保障税收的立法目的。因为纳税人在限期内没有补办税务登记，并不一定表明其一定不补办税务登记。在税务机关发出提请工商行政管理机关吊销营业执照通知的时候，如果纳税人知晓自己即将被吊销营业执照，为避免将来不能从业的麻烦，就可能补办税务登记证。直接吊销当事人营业执照显然不妥。
笔者认为，导致上述问题的原因在于《税收征管法》第六十条第二款没有理顺税务机关和工商机关之间的执法关系。在上述情况下，税务机关是吊销营业执照的实质主体，工商行政管理机关的行为本质上是一种协助执行行为。因此，应明确授予税务机关吊销营业执照的行政处罚权，赋予工商行政管理机关的协助执行义务。虽然营业执照的管理机关是工商行政管理机关，但在法律、行政法规授权的情况下，并不妨碍税务机关拥有吊销营业执照的处罚权。建议将《税收征管法》第六十条第二款修改为：纳税人不办理税务登记的，由税务机关责令限期改正；逾期不改正的，吊销其营业执照。同时规定吊销营业执照的处罚决定，由税务机关提请工商行政管理机关执行。