保税港区的诸多优惠政策不是对现行优惠政策的简单叠加，而是从叠加中发挥更大的政策效应。
保税港区是设立在国家对外开放的口岸港区和与之相连的特定区域内，它具有保税区、保税物流园和出口加工区“三区合一”的政策优势，还兼备特有的口岸操作功能。
保税港区可以存储进出口货物和其他未办结海关手续的货物、国际转口贸易、国际采购、分销和配送、国际中转、检测和售后服务维修、商品展示、研发、加工、制造、港口作业等功能，享受保税区、出口加工区相关的税收和外汇管理政策。
目前，保税港区的诸多优惠政策不是对现行优惠政策的简单叠加，而是从叠加中发挥更大的政策效应。即：境外货物入港区保税；货物出港区进入国内销售按货物进口的有关规定办理报关手续，并按货物实际状态征税；国内货物入港区视同出口，实行退税；港区内企业之间的货物交易不征增值税和消费税。
港区与境外的监管及税收
港区海关对进、出口的货物实行备案制管理，对从境外进入保税港区的货物予以保税。
1.从境外进入港区的货物，海关免征进口关税和进口环节海关代征税，主要包括：区内生产性的基础设施建设项目所需的机器、设备和建设生产厂房、仓储设施所需的基建物资；区内企业生产所需的机器、设备、模具及其维修用零配件；区内企业和行政管理机构自用合理数量的办公用品。
2.从境外进入港区，供区内企业和行政管理机构自用的交通运输工具、生活消费用品，海关按照有关规定征收进口关税和进口环节海关代征税。
3.从港区运往境外的货物免征出口关税，但法律、行政法规另有规定的除外。
港区与区外的监管及税收
区外货物进入港区的，按照规定签发出口货物报关单证（出口退税专用联）。
1.从区外进入港区，供港区内企业开展业务的国产货物及其包装物料、转关出口的货物，海关按照对出口货物的有关规定办理，签发出口货物报关单（出口退税专用联）。
2.从区外进入港区，供港区行政管理机构和区内企业使用的国产基建物资、机器、装卸设备、管理设备、办公用品等，海关按照对出口货物的有关规定办理，签发出口货物报关单（出口退税专用联）。
3.从区外进入港区，供港区行政管理机构和区内企业使用的生活消费用品和交通运输工具，海关不予签发出口货物报关单（出口退税专用联）。
4.从区外进入港区的原进口货物、包装物料、设备、基建物资等，区外企业应当向海关提供上述货物或者物品的清单，按照出口货物的有关规定办理申报手续，海关不予签发出口货物报 关单（出口退税专用联），原已缴纳的关税、进口环节海关代征税不予退还。
5.区内货物到区外进行各种加工、维修等活动，比照境外货物进入境内办理。
6.区外进入港区内的货物，如需退运到区外的，属于尚未办理出口退（免）税手续的，可以向港区主管海关办理退运手续。
7.因不可抗力造成货物损毁、灭失的部分货物，可以退换为与损毁货物相同或者类似的货物，属于尚未办理出口退税手续的，可以向港区主管海关办理退运手续；属于已经办理出口退税手续的，按照进境货物运往区外的有关规定进行征税。
港区与区域的监管及税收
海关对于港区与其他海关特殊监管区域或者保税监管场所之间往来的货物，实行保税监管，不予签发出口货物报关单（出口退税专用联）。
1.港区与其他海关特殊监管区域或者保税监管场所之间的流转货物，不征收进、出口环节的有关税收。
2.承运港区与其他海关特殊监管区域或者保税监管场所之间往来货物的运输工具，应当符合海关监管要求。
港区内的监管及税收
保税港区内货物可以自由流转；港区内企业不实行加工贸易银行保证金台账和合同核销制度，海关对港区内加工贸易货物不实行单耗标准管理。港区内企业加工、生产的货物,凡属于货物直接出口和销售给区内企业的,免征增值税、消费税；港区内企业出口到境外或国内的货物,不予办理退税。
如果因保管不善等非不可抗力因素造成损毁、灭失的货物，如是从境外进入港区的货物，港区内企业应当按照一般贸易进口货物的规定，按照海关审定的货物损毁或灭失前的完税价格，以货物损毁或灭失之日适用的税率、汇率缴纳关税、进口环节海关代征税；如是从区外进入港区的货物，港区内企业应当重新缴纳因出口而退还的国内环节有关税收，海关据此办理核销手续，已缴纳出口关税的，不予以退还。
出口退（免）税的办理
对于区外企业进入保税港区享受出口退（免）税的货物，具体申报应比照《国家税务总局关于洋山保税港区等海关监管特殊区域有关税收问题的通知》（国税函〔2006〕1226号）、《国家税务总局关于印发〈出口加工区税收管理暂行办法〉的通知》（国税发〔2000〕155号）、《国家税务总局关于出口加工区耗用水、电、气准予退税的通知》（国税发〔2002〕116号）和《国家税务总局关于芜湖出口加工区基建物资出口退税的批复》（国税函〔2004〕805号）的规定执行，享受出口加工区的税收政策。