现在不少小规模企业向一般纳税人销售货物时，往往忽视了到主管税务机关代开增值税专用发票。根据国家税务总局《关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发〔2006〕156号）的规定，增值税小规模纳税人需要开具专用发票的，可向主管税务机关申请代开。因此单位向一般纳税人销售货物完全可以到税务机关申请代开增值税专用发票。这样，一般纳税人的购货单位取得代开专用发票可以抵扣进项税，降低购货成本，公司也可以扩大产品销路。申请代开增值税专用发票的具体做法是：
一、申请代开专用发票的范围
国家税务总局《关于印发〈税务机关代开增值税专用发票管理办法（试行）〉的通知》（国税发〔2004〕153号）规定，已办理税务登记的小规模纳税人（包括个体经营者），以及国家税务总局确定的其他可予代开增值税专用发票的纳税人，可以申请代开专用发票。
但主管税务机关只能为所辖范围内的增值税纳税人代开专用发票。固定业户到外县（市）销售货物，向其机构所在地主管税务机关申报纳税，需要申请代开专用发票的，也应到其机构所在地主管税务机关申请代开。
国家税务总局《关于调整凭普通发票退税政策的通知》（国税函〔2005〕248号）规定，凡出口企业从小规模纳税人购进的货物出口，一律凭增值税专用发票（必须是增值税防伪税控开票系统或防伪税控代开票系统开具的增值税专用发票）及有关凭证办理退税。小规模纳税人向出口企业销售这些产品，可到税务机关代开增值税专用发票。
但应注意下列两种情况不得申请代开增值税专用发票：国家税务总局《关于增值税起征点调整后有关问题的批复》（国税函〔2003〕1396号）规定，销售额未达到起征点的个体工商业户，税务机关不得为其代开专用发票；《国家税务总局关于修订<税专用发票使用规定>通知》（国税发〔2006〕156号文件）规定，销售免税货物不得开具专用发票，法律、法规及国家税务总局另有规定的除外。
二、申请代开专用发票的程序
为了贯彻《行政许可法》，根据《国务院关于第三批取消和调整行政审批项目的决定》（国办发〔2004〕16号）文件及国家税务总局《关于取消小规模企业销售货物或应税劳务由税务所代开增值税专用发票审批后有关问题的通知》（国税函〔2004〕895号）规定，纳税人申请代开专用发票，不再由税务机关审批。
根据国家税务总局《关于印发〈税务机关代开增值税专用发票管理办法（试行）〉的通知》（国税发〔2004〕153号）规定，纳税人应按下列程序申请代开专用发票：
（一）填写《代开增值税专用发票缴纳税款申报单》，连同税务登记证副本，到主管税务机关税款征收岗位按专用发票上注明的税额全额申报缴纳税款，同时缴纳专用发票工本费。
（二）缴纳税款后，凭《申报单》和税收完税凭证及税务登记证副本，到代开专用发票岗位申请代开专用发票。
（三）税务机关通过防伪税控系统代开增值税专用发票。
具体应提交的材料以主管税务机关要求的为准。
据了解，主管税务机关一般还要求申请代开增值税专用发票的纳税人提供购销合同复印件和购货方加盖“增值税一般纳税人”确认专章的税务登记证副本复印件。
代开专用发票岗确认申报征收岗传来的征税电子信息与申报单和税收完税证上的金额、税额相符合，按照申报单、完税证和专用发票一一对应即“一单一证一票”原则，为增值税纳税人代开增值税专用发票。
专用发票的“单价”栏和“金额”栏分别填写不含增值税税额的单价和销售额；“税率”栏填写增值税征收率，即3%。
三、代开专用发票的抵扣
根据国家税务总局《关于加强税务机关代开增值税专用发票管理问题的通知》（国税函〔2004〕1404号）规定，增值税一般纳税人取得的税务机关通过防伪税控系统代开的增值税专用发票，同取得其他增值税专用发票一样，必须自该专用发票开具之日起180日内认证，并在认证通过的当月按规定核算当期进项税额并申报抵扣。不必填报代开发票抵扣清单。可以抵扣的进项税额以代开专用发票上注明的、按征收率计算的税额为准。
四、发生销货退回或销售折让等情况的处理
（一）税务机关代开专用发票时填写有误的，应及时在防伪税控代开票系统中作废，重新开具。
（二）代开专用发票后发生退票的，税务机关应按照增值税一般纳税人作废或开具负数专用发票的有关规定进行处理。
（三）需要重新开票的，税务机关应同时进行新开票税额与原开票税额的清算，多退少补；对无需重新开票的，按有关规定退还增值税纳税人已缴的税款或抵顶下期正常申报税款。根据国家税务总局《关于国家税务局为小规模纳税人代开发票及税款征收有关问题的通知》（国税发〔2005〕18号）规定，由主管地税局退还已征收的城市维护建设税和教育费附加或者委托主管国税局在下期抵缴已征收的城市维护建设税和教育费附加。
五、双定户申请代开发票如何征税
国家税务总局《关于加强税务机关代开增值税专用发票管理问题的通知》（国税函〔2004〕1404号）规定，对实行定期定额征收方法的纳税人正常申报时，按以下方法进行清算：
（一）每月开票金额大于应征增值税税额的，以开票金额数为依据征收税款，并作为下一年度核定定期定额的依据。
（二）每月开票金额小于应征增值税税额的，按应征增值税税额数征收税款。