2008年12月10日，国家税务总局下发了《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》的通知（国税发[2008]116号）对企业发生的研究开发费用如何在税前进行加计扣除进行了详细的规定。
（一）税法对研发费用税前加计扣除的规定
《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例规定：企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定据实扣除的基础上，按照研发费用的50％加计扣除；形成无形资产的，按照无形资产成本的150％摊销。
（二）允许加计扣除研发费用的研发项目
研发活动是指企业为获得科学与技术(不包括人文、社会科学)新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、产品(服务)而持续进行的具有明确目标的活动。创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、工艺、产品（服务），是指企业通过研究开发活动在技术、工艺、产品（服务）方面的创新取得了有价值的成果，对本地区（省、自治区、直辖市或计划单列市）相关行业的技术、工艺领先具有推动作用，不包括企业产品（服务）的常规性升级或对公开的科研成果直接应用等活动（如直接采用公开的新工艺、材料、装置、产品、服务或知识等）。
（三）研发费用的支出范围
允许税前加计扣除的研发费用的支出范围国家正在制定，即将下发执行。在新规定下发之前按照《财政部关于企业加强研发费用财务管理的若干意见》（财企[2007]194号）执行。在一个纳税年度中实际发生的下列费用支出，允许在计算应纳税所得额时按照规定实行加计扣除。
1、新产品设计费、新工艺规程制定费以及与研发活动直接相关的技术图书资料费、资料翻译费。
2、从事研发活动直接消耗的材料、燃料和动力费用。
3、在职直接从事研发活动人员的工资、薪金、奖金、津贴、补贴。
4、专门用于研发活动的仪器、设备的折旧费或租赁费。
5、专门用于研发活动的软件、专利权、非专利技术等无形资产的摊销费。
6、专门用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费。
7、勘探开发技术的现场试验费。
8、研发成果的论证、评审、验收费用。
《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》（国税发[2008]116号）第八条规定：行政法规和国家税务总局规定不允许企业所得税前扣除的费用和支出项目，均不允许计入研究开发费用。
（四）研发费用的归集与核算
1、企业应当建立健全财务制度与研发费用管理制度，对研发费用实行专账管理。
2、企业在一个纳税年度内进行多个研发活动的，应按照不同开发项目分别归集可加计扣除的研发费用额。
3、企业未设立专门的研发机构或企业研发机构同时承担生产经营任务的，应对研发费用和生产经营费用分开核算，准确、合理的计算各项研发费用支出。
4、企业应按照财政部制定的会计准则和会计制度，在相关科目下，设置明细科目，核算实际发生的研发费用，并按照研发项目设立项目台账，按纳税年度归集、统计研发费用。
5、企业财务核算不健全、未按照规定准确归集与核算研发费用的，不得实行加计扣除。
6、企业研究开发费各项目的实际发生额归集不准确、汇总额计算不准确的，主管税务机关有权调整其税前扣除额或加计扣除额。
（五）研发费用的加计扣除方法
企业根据财务会计核算和研发项目的实际情况，对发生的研发费用进行收益化或资本化处理的，可按下述规定计算加计扣除：
1、研发费用计入当期损益未形成无形资产的，允许再按其当年研发费用实际发生额的50%，直接抵扣当年的应纳税所得额。
2、研发费用形成无形资产的，按照该无形资产成本的150%在税前摊销。除法律另有规定外，摊销年限不得低于10年。
3、实际发生的研发费用，在年度中间预缴所得税时，允许据实计算扣除，在年度终了进行所得税年度申报时，再依照规定计算加计扣除。
（六）研发费用税前加计扣除应报送的有关资料
企业应于纳税年度终了后向主管税务机关报送以下资料。资料不齐全的，应于汇算清缴截止期内补齐有关资料，否则不得享受加计扣除优惠。
1、自主、委托、合作研究开发项目计划书和研究开发费预算；
2、自主、委托、合作研究开发专门机构或项目组的编制情况和专业人员名单；
3、自主、委托、合作研究开发项目当年研究开发费用发生情况归集表；
4、企业总经理办公会议或董事会关于自主、委托、合作研究开发项目立项的决议文件；
5、委托、合作研究开发项目的合同或协议；
6、研究开发项目的效用情况说明、研究成果报告等资料；
7、税务机关要求报送的其他资料。
企业如有县级以上行政部门和国家批准设立的基金会（机构）下达的科技计划项目（任务）书、研发资金补助凭据等有关资料的，应一并报送。
（七）建立研发费用税前加计扣除的审核和征询制度
主管税务机关对企业的纳税申报表及有关资料的真实性和合理性进行审核。对符合规定的，准予税前加计扣除；认为不符合规定不准予税前加计扣除的，应报县级以上（含县级）税务机关复审确认。
税务机关对研发项目存有异议的，县级以上（含县级）税务机关可要求企业提供科技、经贸等有关部门或行业协会的鉴定意见书，或会同同级科技、经贸等有关部门复核，必要时征询专家意见。
（八）企业集团内的研发费用的处理
企业集团根据生产经营和科技开发的实际情况，对技术要求高、投资数额大，需要由集团公司进行集中开发的研究开发项目，其实际发生的研究开发费，可以按照合理的分摊方法在受益集团成员公司间进行分摊。
企业集团采取合理分摊研究开发费的，企业集团应提供集中研究开发项目的协议或合同，该协议或合同应明确规定参与各方在该研究开发项目中的权利和义务、费用分摊方法等内容。如不提供协议或合同，研究开发费不得加计扣除。
集团采取合理分摊研究开发费的，企业集团集中研究开发项目实际发生的研究开发费，应当按照权利和义务、费用支出和收益分享一致的原则，合理确定研究开发费用的分摊方法。
企业集团采取合理分摊研究开发费的，企业集团母公司负责编制集中研究开发项目的立项书、研究开发费用预算表、决算表和决算分摊表。
税企双方对企业集团集中研究开发费的分摊方法和金额有争议的，如企业集团成员公司设在不同省、自治区、直辖市和计划单列市的，企业按照国家税务总局的裁决意见扣除实际分摊的研究开发费；企业集团成员公司在同一省、自治区、直辖市和计划单列市的，企业按照省税务机关的裁决意见扣除实际分摊的研究开发费。